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biancheng159铜虫 (正式写手)
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MS粗粒化模拟, NPT-MD模拟所得轨迹很奇怪，模型一直往盒子外跑？ 已有1人参与
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模拟结果见附件视频或gif。 我按照MS教程构建了一个与盒子一样大的slab，里面放了若干聚合物链和溶剂珠子，优化完后跑了500ps NPT-MD，查看轨迹时发现它这个模型不停的往盒子外跑，用NVT-MD试后还是这样。 初步认为建模过程(步骤如下)有问题，群里哪位前辈指导点拨一下？  steps.jpg  runaway.gif |
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2015-11-07 10:57:46, 771.45 K
2015-11-07 10:58:10, 1.69 M
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biancheng159
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【答案】应助回帖
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如果是周期性边界条件，这只是显示的问题，选择in cell就行了。好久不用ms，好像是这个选项 发自小木虫Android客户端 |
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biancheng1593楼2015-11-07 22:01:59
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7楼2015-11-09 09:49:44
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时隔1月后，无意中在MS论坛上看到相似问题: https://community.accelrys.com/C ... =90650000000L8JkAAK Reinier说勾选Animation Option中的"Recalculate atom visibility every frame"即可。 |
8楼2015-12-17 19:43:50
9楼2016-01-22 20:55:23