| 查看: 1541 | 回复: 8 | |||
biancheng159铜虫 (正式写手)
|
[求助]
MS粗粒化模拟, NPT-MD模拟所得轨迹很奇怪，模型一直往盒子外跑？ 已有1人参与
|
|
模拟结果见附件视频或gif。 我按照MS教程构建了一个与盒子一样大的slab，里面放了若干聚合物链和溶剂珠子，优化完后跑了500ps NPT-MD，查看轨迹时发现它这个模型不停的往盒子外跑，用NVT-MD试后还是这样。 初步认为建模过程(步骤如下)有问题，群里哪位前辈指导点拨一下？  steps.jpg  runaway.gif |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : runaway.avi
- 附件 2 : runaway.gif
2015-11-07 10:57:46, 771.45 K
2015-11-07 10:58:10, 1.69 M
» 猜你喜欢
青年基金C终止
已经有3人回复
-
26申博求博导推荐-遥感图像处理方向
已经有4人回复
-
限项规定
已经有7人回复
-
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有4人回复
-
救命帖
已经有8人回复
-
招博士
已经有4人回复
-
西南交通大学国家级人才团队2026年博士研究生招生（考核制）—机械、材料、力学方向
已经有3人回复
-
英文综述是否需要润色及查重
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
-
最失望的一年
已经有18人回复
biancheng159
铜虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6166.3
- 散金: 31
- 红花: 4
- 帖子: 849
- 在线: 500.8小时
- 虫号: 1691619
- 注册: 2012-03-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
2楼2015-11-07 21:20:04
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
如果是周期性边界条件，这只是显示的问题，选择in cell就行了。好久不用ms，好像是这个选项 发自小木虫Android客户端 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
biancheng1593楼2015-11-07 22:01:59
jwf163.com
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 375.8
- 红花: 1
- 帖子: 273
- 在线: 218.2小时
- 虫号: 887277
- 注册: 2009-10-29
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
4楼2015-11-07 23:06:44
biancheng159
铜虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6166.3
- 散金: 31
- 红花: 4
- 帖子: 849
- 在线: 500.8小时
- 虫号: 1691619
- 注册: 2012-03-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
5楼2015-11-09 08:33:12
biancheng159
铜虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6166.3
- 散金: 31
- 红花: 4
- 帖子: 849
- 在线: 500.8小时
- 虫号: 1691619
- 注册: 2012-03-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
6楼2015-11-09 09:10:29
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
7楼2015-11-09 09:49:44
biancheng159
铜虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6166.3
- 散金: 31
- 红花: 4
- 帖子: 849
- 在线: 500.8小时
- 虫号: 1691619
- 注册: 2012-03-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
|
时隔1月后，无意中在MS论坛上看到相似问题: https://community.accelrys.com/C ... =90650000000L8JkAAK Reinier说勾选Animation Option中的"Recalculate atom visibility every frame"即可。 |
8楼2015-12-17 19:43:50
9楼2016-01-22 20:55:23