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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切鉴定,为什么找不到所需要的目的条带?

请各位实验大神救小弟于水深火热之中。。。
   
    我现在的课题是做RNA干扰方面的实验,从网上设计的siRNA,然后根据文献设计了65bp长度的shRNA,前后分别加了HindIII和BamHI的酶切位点,所用的质粒是psilencer2.1-U6,我需要把这个65bp的片段插入质粒中,但是由于shRNA特有的发卡结构,不能通过常规大测序来判断是否成功插入了目的片段,所以只能通过双酶切鉴定来大体看一下。但是问题就出在这,我做了好几次,质粒也重新提取重新酶切连接了好几次,但是总是看不到65bp大小大条带,只能看到质粒的条带。附上图:

    所用的酶是NEB的 HindIII-HF 和 BamHI-HF,根据说明书两酶可以一起37℃酶切15分钟即可(我也试过更长时间酶切);
   
    所用的胶是2%的,marker是20bp的ladder,100V跑30分钟左右(有人告诉我可能目的片段太小跑出胶去了,我也试过90V跑20分钟,但始终看不到65bp的条带)。

    求各位同仁老师或者师兄师姐帮助啊,我的步骤哪里出了问题?有没有其他方法鉴定目的片段是否插入了?万分感谢!
双酶切鉴定,为什么找不到所需要的目的条带?
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双酶切鉴定,为什么找不到所需要的目的条带?-1
2014053079.jpg
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ufo007ahh

铜虫 (初入文坛)

是不是酶保存不当失效了?

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-11-06 22:27:25
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骆驼人

金虫 (正式写手)

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:31:13
片段太小了,发卡结构也是可以测序的,测序的时候告诉他们存在特殊发卡结构,之前我做的一个发卡结构测序完全正确,去测序吧

发自小木虫Android客户端
愿你,温柔又坚定,不轻易许诺但许的诺一定会实现,有勇气有力量,会发现一切美好的事物
3楼2015-11-06 22:31:59
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嗜血的猫咪

金虫 (小有名气)

多少体系,体系小的话可以适当增大体系
4楼2015-11-08 18:04:24
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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ufo007ahh at 2015-11-06 22:27:25
是不是酶保存不当失效了?

谢谢您的提醒,昨天鉴定了下酶的活性,两种内切酶的活性都还挺好
5楼2015-11-09 08:01:22
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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 嗜血的猫咪 at 2015-11-08 18:04:24
多少体系,体系小的话可以适当增大体系

谢谢您的建议,我做酶切鉴定的时候都是用的10ul 体系,您提醒之后感觉确实有这方面的问题,10ul体系跑胶载体的条带很清楚,目的片段可能就不会那么清晰了
6楼2015-11-09 08:03:49
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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 骆驼人 at 2015-11-06 22:31:59
片段太小了,发卡结构也是可以测序的,测序的时候告诉他们存在特殊发卡结构,之前我做的一个发卡结构测序完全正确,去测序吧

嗯,谢谢您的回复,我打算换一家测序公司试试
7楼2015-11-09 08:04:55
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轩辕漪

禁虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:31:39
本帖内容被屏蔽

8楼2016-02-21 14:41:38
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匿名

用户注销 (正式写手)

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:31:57
本帖仅楼主可见
9楼2016-02-21 18:03:13
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