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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有关DNAMAN的基础问题，希望大家帮帮我！
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ailsaZT

新虫 (初入文坛)

[求助] 有关DNAMAN的基础问题，希望大家帮帮我！ 已有7人参与

各位路过的好心人看一看，作为误入生命科学行业的一员，各种苦涩不多言，但是还是希望坚持把自己选择的路好好走下去。希望大家帮我解答一下关于DNAMAN的一些小疑惑：
如图
在序列比对中，会出现某一对碱基对不上，或者是一个点和一个碱基对不上，这二者有什么区别？
序列比对一般看的是什么？比成什么样子算是成功了？（我现在在做扩基因，连载体的实验，想证明把目的片段连到载体上了）

谢谢大家！我真的很需要帮助，我没什么金币，还有好多问题要问，所以只能给这么多了（我已经被师姐嫌弃了，自己上网查又看不懂，但我知道只有弄懂第一次，才有信心继续追赶被别人拉下的距离！）

有关DNAMAN的基础问题，希望大家帮帮我！
2.PNG
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1楼 2015-11-05 11:08:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

陈爱中

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-11-05 18:35:46
碱基不一致表示你测序的样品有突变，空格的地方表示你测序样品有缺失或者插入

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2楼2015-11-05 11:50:52
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普通回帖

ailsaZT

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 陈爱中 at 2015-11-05 11:50:52
碱基不一致表示你测序的样品有突变，空格的地方表示你测序样品有缺失或者插入

先谢谢你的回复不过我还有疑问，为什么多序列比对的时候不一定是从头开始比，有时候会是从中间或者其他地方比呢？你对DNAMAN软件熟悉么？因为我还有很多基础问题不是特别理解
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3楼2015-11-05 13:23:06
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陈爱中

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ailsaZT at 2015-11-05 13:23:06
先谢谢你的回复不过我还有疑问，为什么多序列比对的时候不一定是从头开始比，有时候会是从中间或者其他地方比呢？你对DNAMAN软件熟悉么？因为我还有很多基础问题不是特别理解...

测序公司给你的测序结果，头和尾都有两三百bp不可信的，所以不从头比对。

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4楼2015-11-05 13:25:26
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-11-05 18:35:32
ailsaZT: 金币+1, ★有帮助 2015-11-10 15:53:41
红圈圈出的上下不一致的地方就是你的测序结果与你原序列不一致的地方，从你比对结果看，有很多位点与原序列有差异，这个要根据具体情况看，建议使用高保真酶扩增。
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5楼2015-11-05 13:27:50
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ailsaZT

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 陈爱中 at 2015-11-05 13:25:26
测序公司给你的测序结果，头和尾都有两三百bp不可信的，所以不从头比对。
...

在多序列比对的时候，有一个选项try both strands，我在比对正向测序结果的时候就不选，比对反向测序结果的时候会选，但是不是很清楚为什么，是不是选了之后就会用后一个导入的序列的反向互补序列进行比对呢？
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6楼2015-11-05 14:22:20
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Esther_zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-11-05 18:35:14
前面是碱基不一样，后面一个点，表示你的序列这个位置没有该碱基。
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7楼2015-11-05 17:03:37
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JMC_A

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-11-05 18:35:23
后边一个红圈有移码突变，这个肯定是没成功。
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8楼2015-11-05 17:50:29
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
只有不存在有义突变，才算成功

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天道酬勤
9楼2015-11-05 18:14:10
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ailsaZT

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 随风飘摇11 at 2015-11-05 18:14:10
只有不存在有义突变，才算成功

什么是有义突变？

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10楼2015-11-06 17:05:45
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