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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 求助crispr-cas9引物设计软件
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zb0806030

银虫 (小有名气)

[求助] 求助crispr-cas9引物设计软件 已有4人参与

上海植生所薛红卫老师15年在JIPB上发表了一篇CRISPR Primer Designer: Design primers forknockout and chromosome imaging CRISPR-Cassystem文章，求助哪位虫友有这个CRISPR Primer Designer的软件，非常感谢！
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厚积薄发
1楼 2015-11-04 08:45:29
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Hare_ma

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zb0806030: 金币+2, ★有帮助 2015-11-04 14:36:11
我知道有两个在线设计引物的软件，不知道是不是你要的
http://crispr.mit.edu/
http://www.e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr.html

就算不是，我觉得你说的那个肯定也是在线设计引物的，不防把关键词在Google里搜一下，希望有帮助到你
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星星真美，因为有一朵看不见的花。。。
2楼2015-11-04 11:12:45
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zb0806030

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Hare_ma at 2015-11-04 11:12:45
我知道有两个在线设计引物的软件，不知道是不是你要的
http://crispr.mit.edu/
http://www.e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr.html

就算不是，我觉得你说的那个肯定也是在线设计引物的，不防把关键词在Google里 ...

谢谢你的回复，我也知道有在线设计的软件，但选起来相对复杂，我看文献里他那个挺简单方便的，所以想问问有没有人有，应该不是在线的软件
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厚积薄发
3楼2015-11-04 14:36:02
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Hare_ma

专家顾问 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zb0806030 at 2015-11-04 14:36:02
谢谢你的回复，我也知道有在线设计的软件，但选起来相对复杂，我看文献里他那个挺简单方便的，所以想问问有没有人有，应该不是在线的软件...

那就不知道了

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星星真美，因为有一朵看不见的花。。。
4楼2015-11-04 15:48:55
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lylyly2006

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我最近也有在设计，我先看看能不能用，我是可以同时敲掉两个基因的载体

发自小木虫IOS客户端
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5楼2015-11-07 14:44:00
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zb0806030

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lylyly2006 at 2015-11-07 14:44:00
我最近也有在设计，我先看看能不能用，我是可以同时敲掉两个基因的载体

谢谢啦，我也想同时敲掉两个或者三个基因，这三个基因碱基相似度很高
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厚积薄发
6楼2015-11-09 16:57:51
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cloudy8797

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lylyly2006 at 2015-11-07 14:44:00
我最近也有在设计，我先看看能不能用，我是可以同时敲掉两个基因的载体

想问一下，设计鉴定crispr-cas9敲除的引物有什么原则之类的吗，我都射击类好几对引物，总是扩不出目标带，求指教啊
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7楼2015-11-13 16:35:52
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1lovingfly

新虫 (小有名气)
你好，请教一下，CRISPR结果是否基因敲除，可以直接pcr测序吗

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8楼2015-11-17 20:40:50
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by zb0806030 at 2015-11-09 16:57:51
谢谢啦，我也想同时敲掉两个或者三个基因，这三个基因碱基相似度很高...

既然这样，比对下保守的序列，只要设计一个sgRNA就有可能同时敲除三个基因。本人已经实验验证，并且刚刚被JIPB杂志录用。
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9楼2017-12-09 10:26:11
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 1lovingfly at 2015-11-17 20:40:50
你好，请教一下，CRISPR结果是否基因敲除，可以直接pcr测序吗

如果是植物通过愈伤组织转基因，则转基因植株可以通过PCR测序。
如果是拟南芥通过花浸润法转基因，则PCR测序可能无法看到突变的峰形，因为是嵌合体（假设是植物的用35S启动子）。
而如果拟南芥花浸润法选择遗传所的谢旗老师组的YAO启动子，则可以通过PCR测序检测T1代植株。即跟愈伤组织转基因一样。
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10楼2017-12-09 10:29:45
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