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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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renhuijunt

新虫 (小有名气)

[求助] 我对接的配体是个有机盐,该如何使分子带电荷与蛋白对接呢?

大神好!最近在做有机盐与蛋白的对接。我的配体在ligand >input前都是个盐,但是output之后,文件在ds中只显示了有机部分,而且N不再带正电荷。听说不能直接拿这个结构和蛋白对接,可是我该如何使这个配体带电荷与蛋白对接呢?不知道说清楚了,还望明白的大神给指点下!谢谢啦!

我对接的配体是个有机盐,该如何使分子带电荷与蛋白对接呢?
ligand>input.jpg


我对接的配体是个有机盐,该如何使分子带电荷与蛋白对接呢?-1
ligand>output.jpg
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白鸿明

木虫 (正式写手)

2楼2015-11-03 08:28:41
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renhuijunt

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 白鸿明 at 2015-11-03 08:28:41
加电荷

加氢加电荷了啊,加完电荷ligand输出之后阴离子部分消失了,阳离子部分呈电中性,可是我想要的是阳离子部分的氮原子还是带正电。我该怎么处理呢?
3楼2015-11-03 12:31:22
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