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新虫 (小有名气)

[求助] 我对接的配体是个有机盐，该如何使分子带电荷与蛋白对接呢？

大神好！最近在做有机盐与蛋白的对接。我的配体在ligand >input前都是个盐，但是output之后，文件在ds中只显示了有机部分，而且N不再带正电荷。听说不能直接拿这个结构和蛋白对接，可是我该如何使这个配体带电荷与蛋白对接呢？不知道说清楚了，还望明白的大神给指点下！谢谢啦！

ligand>input.jpg

ligand>output.jpg

1楼 2015-11-02 20:34:03

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木虫 (正式写手)

加电荷

发自小木虫IOS客户端

2楼2015-11-03 08:28:41

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新虫 (小有名气)

引用回帖:

2楼: Originally posted by 白鸿明 at 2015-11-03 08:28:41
加电荷

加氢加电荷了啊，加完电荷ligand输出之后阴离子部分消失了，阳离子部分呈电中性，可是我想要的是阳离子部分的氮原子还是带正电。我该怎么处理呢？

3楼2015-11-03 12:31:22

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