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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 食品 » 粮油与蛋白 » 红外测蛋白质二级结构含量谱图分峰的一些疑问
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夏天的枫

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 红外测蛋白质二级结构含量谱图分峰的一些疑问 已有2人参与

我是按论坛上一个教程（见附件）用peakfit操作的，但是有不少疑问
第一，应该如何确定子峰的数量呢？看了些帖子好像是用二阶导数谱来确定，我先去基线，平滑，再点击autofit peaks II second derivative，出来几个峰，就分为几个峰，这样对吗？
第二，教程上是点击autofit peaks I residuals，再按左下角按钮连续拟合，但我看了论坛的一些帖子，好像要在拟合前去卷积，我在去基线，平滑后点击Deconvolve Gaussian IRF，结果基线又偏了，1600和1700cm-1的吸光度变成不在一个水平上（见图）
如果点击autofit peaks III deconvolve，只分出来3个峰，应该手动添加到8个峰再拟合吗（刚才二阶导数出来8个峰）？解卷积到底指Deconvolve Gaussian IRF还是autofit peaks III deconvolve呢？应该如何操作呢？
第三，假设拟合结果如下，
Peak  Type            Anlytc Area   % Area         Int Area     % Area          Centroid    Moment2   
    1  Gauss Amp   2.86879875  9.20886981  2.84783555  9.16604874  1618.16180  47.7334086  
    2  Gauss Amp   5.25231552  16.8599801  5.25226973  16.9049650  1631.15830  50.2478218  
    3  Gauss Amp   6.49224137  20.8401532  6.49224137  20.8959400  1643.68294  50.2563044  
    4  Gauss Amp   6.81530055  21.8771761  6.81530054  21.9357389  1656.45800  50.2563040  
    5  Gauss Amp   5.69895628  18.2937009  5.69886173  18.3423668  1669.63916  50.2411853  
    6  Gauss Amp   4.02494820  12.9201199  3.96288238  12.7549405  1683.47738  45.9044148  
       Total               31.1525607  100.000000  31.0693913  100.000000                          
计算二级结构含量的方法是不是根据：1610～1640cm-1 为β-折叠；1640～1650cm-1 为无规则卷曲；1650～1660cm-1 为α-螺旋；1660～1700cm-1 为β-转角，得出peak1,2属于β-折叠，peak3属于无规则卷曲，peak4属于α-螺旋，peak5,6属于β-转角，再把对应的% Area加起来，得出β-折叠，无规则卷曲，α-螺旋，β-转角的含量，应该根据anlytc area还是int area 计算呢？
求解惑，感激不尽，如完美解答，金币还会追加红外测蛋白质二级结构含量谱图分峰的一些疑问
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  • 附件 1 : peakfit分峰图像总结.doc
    • 2015-10-25 22:59:02, 407.5 K

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1楼 2015-10-25 23:02:45
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zxt546442323

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我是先用OMNIC进行傅里叶去卷积化处理和五点平滑，然后再导入peakfit进行高斯函数处理，基线校正，分峰拟合。而且α-螺旋和无规卷曲在酰胺一带有重叠不容易区分，可以在酰胺三带再算一次
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5楼2019-07-02 13:55:34
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shenkaiqing

新虫 (初入文坛)
我的拟合出来只有两个峰，请问这是怎么回事

发自小木虫Android客户端
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2楼2017-12-22 00:52:04
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无水柠檬酸

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
3楼2018-09-19 00:20:42
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暗透了

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好 想问楼主如果R2不大于0.99 就一直加峰拟合 这个峰是随便加吗
赞一下 回复此楼
4楼2019-06-27 09:39:05
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