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红外测蛋白质二级结构含量谱图分峰的一些疑问 已有2人参与
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我是按论坛上一个教程（见附件）用peakfit操作的，但是有不少疑问 第一，应该如何确定子峰的数量呢？看了些帖子好像是用二阶导数谱来确定，我先去基线，平滑，再点击autofit peaks II second derivative，出来几个峰，就分为几个峰，这样对吗？ 第二，教程上是点击autofit peaks I residuals，再按左下角按钮连续拟合，但我看了论坛的一些帖子，好像要在拟合前去卷积，我在去基线，平滑后点击Deconvolve Gaussian IRF，结果基线又偏了，1600和1700cm-1的吸光度变成不在一个水平上（见图） 如果点击autofit peaks III deconvolve，只分出来3个峰，应该手动添加到8个峰再拟合吗（刚才二阶导数出来8个峰）？解卷积到底指Deconvolve Gaussian IRF还是autofit peaks III deconvolve呢？应该如何操作呢？ 第三，假设拟合结果如下， Peak Type Anlytc Area % Area Int Area % Area Centroid Moment2 1 Gauss Amp 2.86879875 9.20886981 2.84783555 9.16604874 1618.16180 47.7334086 2 Gauss Amp 5.25231552 16.8599801 5.25226973 16.9049650 1631.15830 50.2478218 3 Gauss Amp 6.49224137 20.8401532 6.49224137 20.8959400 1643.68294 50.2563044 4 Gauss Amp 6.81530055 21.8771761 6.81530054 21.9357389 1656.45800 50.2563040 5 Gauss Amp 5.69895628 18.2937009 5.69886173 18.3423668 1669.63916 50.2411853 6 Gauss Amp 4.02494820 12.9201199 3.96288238 12.7549405 1683.47738 45.9044148 Total 31.1525607 100.000000 31.0693913 100.000000 计算二级结构含量的方法是不是根据：1610～1640cm-1 为β-折叠；1640～1650cm-1 为无规则卷曲；1650～1660cm-1 为α-螺旋；1660～1700cm-1 为β-转角，得出peak1,2属于β-折叠，peak3属于无规则卷曲，peak4属于α-螺旋，peak5,6属于β-转角，再把对应的% Area加起来，得出β-折叠，无规则卷曲，α-螺旋，β-转角的含量，应该根据anlytc area还是int area 计算呢？ 求解惑，感激不尽，如完美解答，金币还会追加  1.png |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : peakfit分峰图像总结.doc
2015-10-25 22:59:02, 407.5 K
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2楼2017-12-22 00:52:04
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zxt546442323
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