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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » cif文件用MS和diamond分别打开成键不一致
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dong_chen

新虫 (正式写手)

[求助] cif文件用MS和diamond分别打开成键不一致 已有1人参与

小弟最近拿到一个MOFs 结构的cif文件，可是用MS和diamond两个软件打开后发现中心金属原子Ba的配位方式不一致，其在MS中是11配位，而diamond中显示是5配位，这该如何是好啊？解析晶体的人说没有A类B类错误cif应该是正确的，而且他用MS解出来也是11配位的，是需要我自己在diamond中调节什么参数吗？第一次遇到这种情况，希望各位大神帮助。
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1楼 2015-10-25 17:05:53
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by dong_chen at 2015-10-25 21:16:20
我自己设置好了。问题的本身是由于MS和diamond中对于配位键长的定义不同造成的，解决如下：
首先通过mercury量出缺失的配位键键长，当然MS应该也能只是我一直用mercury；
然后在diamond中的connectivity选项中改变 ...

用过diamond的人基本上都知道这一点，既然你已经解决了，可以申请关闭帖子了。
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3楼2015-10-26 09:59:44
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dong_chen

新虫 (正式写手)
dong_chen: 回帖置顶 2015-10-25 21:16:47
我自己设置好了。问题的本身是由于MS和diamond中对于配位键长的定义不同造成的，解决如下：
首先通过mercury量出缺失的配位键键长，当然MS应该也能只是我一直用mercury；
然后在diamond中的connectivity选项中改变要连接的两个原子之间的距离，选择correct now，删除之前的所有原子，重新get molecule.
此时可以找到缺失的配位键。
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2楼2015-10-25 21:16:20
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