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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

[求助] 重组的质粒跑胶怎么会如此诡异? 已有1人参与

各位好,小弟刚刚开始做质粒提取重组这一方面的实验。
   
    前天将酶切的质粒和目的片段连接后转入感受态,平板培养后挑去单菌落接种LB液体培养基,今天菌长起来后提取质粒,但是跑的胶显示很奇怪,

    不好意思,不知道为什么传不上来图,我用画图大体画了一下,紫色的表示条带位置,距离marker最近的表示为1号,位置大体差不多,但是2号的位置
    就太奇怪了,基本没跑开,3、4、5的位置3号位置跑得比其它四条都快一点
。
重组的质粒跑胶怎么会如此诡异?
1024d.png   
    所用质粒是psliencer2.1(4885bp),目的片段五个都是65bp,marker是D2000 plus,参考片段(bp):100,250,500,750,1000,2000、3000,5000

    按说重组完的质粒大小应该都一样,目的片段只是序列不一样,正常情况下跑胶的位置应该也一样,为什么在胶上却显示的位置差异如此之大?

    求大神解惑~!~!
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q120465872

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mcxiaomu1023 at 2015-10-25 14:12:45
谢谢您的回答,这是昨天和今天跑胶的图片,是分别挑取了一个板上的两个单菌落

扩增培养后提取的质粒,都不在一个位置。可能正如您所说,是质粒形态不一样的

原因,那么这样的话能不能交到公司去测序?会不会 ...

测序是最好的检验方式,并不贵速度也挺快,别纠结了,直接送测吧
赐予我力量,去改变我所能改变的;赐予我勇气,去接受我所不能改变的;并赐予我智慧,去分辨这两者。
4楼2015-10-25 20:32:27
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q120465872

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没有看到你具体的图,有些不太好说。 不过如果你确定你的质粒重组、挑的单克隆都是阳性且没有问题的话,那就有可能是质粒的质量问题了。
环状质粒DNA有三种构型,共价闭合环状(SC构型),开环(OC构型)和线性(L型),这三种构型位阻各不相同,SC型在最前面,其次是线性,然后是开环,一般线性比例最高,然后开环带的位置与质粒实际大小相同(比如你的二号样可能就是开环比例很高,与实际大小应该处的位置一致 ,而线性由于是环状的,会显得分子量小一些,SC就在更前面一点了,你的三号样可能是SC比例高)。
质量较好的质粒,如果浓度比较高,应该能看到一条亮带在中间(线性),两条很暗的带(SC和开环)。质量不好,两条带也有可能。

当然这些都是我根据你提供的有限的信息猜想的,最好能看到图。你自己也可以单酶切一下,看是不是所有样都变成2号样的大小,如果是,就说明我的猜想是对的。否则的话,就是质粒重组和其他环节出问题了。
赐予我力量,去改变我所能改变的;赐予我勇气,去接受我所不能改变的;并赐予我智慧,去分辨这两者。
2楼2015-10-24 19:49:10
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mcxiaomu1023

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by q120465872 at 2015-10-24 19:49:10
没有看到你具体的图,有些不太好说。 不过如果你确定你的质粒重组、挑的单克隆都是阳性且没有问题的话,那就有可能是质粒的质量问题了。
环状质粒DNA有三种构型,共价闭合环状(SC构型),开环(OC构型)和线性(L ...

谢谢您的回答,这是昨天和今天跑胶的图片,是分别挑取了一个板上的两个单菌落

扩增培养后提取的质粒,都不在一个位置。可能正如您所说,是质粒形态不一样的

原因,那么这样的话能不能交到公司去测序?会不会有什么影响?
重组的质粒跑胶怎么会如此诡异?-1
10.24 重组质粒 提取.png


重组的质粒跑胶怎么会如此诡异?-2
1025重组质粒 提取.png

3楼2015-10-25 14:12:45
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