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重组的质粒跑胶怎么会如此诡异？已有1人参与
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各位好，小弟刚刚开始做质粒提取重组这一方面的实验。 前天将酶切的质粒和目的片段连接后转入感受态，平板培养后挑去单菌落接种LB液体培养基，今天菌长起来后提取质粒，但是跑的胶显示很奇怪， 不好意思，不知道为什么传不上来图，我用画图大体画了一下，紫色的表示条带位置，距离marker最近的表示为1号，位置大体差不多，但是2号的位置 就太奇怪了，基本没跑开，3、4、5的位置3号位置跑得比其它四条都快一点 。  1024d.png 所用质粒是psliencer2.1（4885bp），目的片段五个都是65bp，marker是D2000 plus，参考片段（bp）：100，250，500，750，1000，2000、3000，5000 按说重组完的质粒大小应该都一样，目的片段只是序列不一样，正常情况下跑胶的位置应该也一样，为什么在胶上却显示的位置差异如此之大？ 求大神解惑~！~！ |
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3楼2015-10-25 14:12:45
q120465872
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【答案】应助回帖
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没有看到你具体的图，有些不太好说。 不过如果你确定你的质粒重组、挑的单克隆都是阳性且没有问题的话，那就有可能是质粒的质量问题了。 环状质粒DNA有三种构型，共价闭合环状（SC构型），开环（OC构型）和线性（L型），这三种构型位阻各不相同，SC型在最前面，其次是线性，然后是开环，一般线性比例最高，然后开环带的位置与质粒实际大小相同（比如你的二号样可能就是开环比例很高，与实际大小应该处的位置一致 ，而线性由于是环状的，会显得分子量小一些，SC就在更前面一点了，你的三号样可能是SC比例高）。 质量较好的质粒，如果浓度比较高，应该能看到一条亮带在中间（线性），两条很暗的带（SC和开环）。质量不好，两条带也有可能。 当然这些都是我根据你提供的有限的信息猜想的，最好能看到图。你自己也可以单酶切一下，看是不是所有样都变成2号样的大小，如果是，就说明我的猜想是对的。否则的话，就是质粒重组和其他环节出问题了。 |
2楼2015-10-24 19:49:10
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4楼2015-10-25 20:32:27