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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 实验讨论 » 小分子能量最小化方法
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lucky1119

新虫 (初入文坛)

[求助] 小分子能量最小化方法

我做的是蛋白质-配体对接，想知使配体能量最小化的方法……我用chem3D中的MM,可老板说没依据，怎么办？是不是还要构想搜索？具体怎么做？求指教

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1楼 2015-10-24 17:29:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

小分子能量最小化即可，不行的话就MM94和分子动力学都用上
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2楼2015-10-28 14:50:59
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lucky1119

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-10-28 14:50:59
小分子能量最小化即可，不行的话就MM94和分子动力学都用上

嗯嗯，谢谢你，我想知道用MM2如何判定它就是最小化的呢？

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3楼2015-10-28 23:39:34
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lucky1119

新虫 (初入文坛)
问题已解决，谢谢大家

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4楼2015-10-30 21:44:15
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精业济群

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lucky1119 at 2015-10-30 21:44:15
问题已解决，谢谢大家

简单的chemdraw 3D能量最小化感觉不准确，有时优化的分子构象完全不是优势构象，求教楼主怎么解决的或者合理的解释，谢谢！
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加油！！！！
5楼2015-11-09 19:26:27
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lucky1119

新虫 (初入文坛)
用chemdraw3d中的mm2,找相关理论来证明即可，使分子能量最小化的方法有最速下降法和共轭梯度法，建议你去查相关资料看看，另外mm2里用的相关算法也去看看

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6楼2015-11-09 23:02:00
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