24小时热门版块排行榜    

查看: 4159  |  回复: 5

lucky1119

新虫 (初入文坛)

[求助] 小分子能量最小化方法

我做的是蛋白质-配体对接,想知使配体能量最小化的方法……我用chem3D中的MM,可老板说没依据,怎么办?是不是还要构想搜索?具体怎么做?求指教

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

小分子能量最小化即可,不行的话就MM94和分子动力学都用上
2楼2015-10-28 14:50:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lucky1119

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-10-28 14:50:59
小分子能量最小化即可,不行的话就MM94和分子动力学都用上

嗯嗯,谢谢你,我想知道用MM2如何判定它就是最小化的呢?

发自小木虫Android客户端
3楼2015-10-28 23:39:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lucky1119

新虫 (初入文坛)

4楼2015-10-30 21:44:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

精业济群

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lucky1119 at 2015-10-30 21:44:15
问题已解决,谢谢大家

简单的chemdraw 3D能量最小化感觉不准确,有时优化的分子构象完全不是优势构象,求教楼主怎么解决的或者合理的解释,谢谢!
加油!!!!
5楼2015-11-09 19:26:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lucky1119

新虫 (初入文坛)

用chemdraw3d中的mm2,找相关理论来证明即可,使分子能量最小化的方法有最速下降法和共轭梯度法,建议你去查相关资料看看,另外mm2里用的相关算法也去看看

发自小木虫Android客户端
6楼2015-11-09 23:02:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lucky1119 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 +11 妮妮ninicgb 2026-03-15 15/750 2026-03-21 19:15 by ColorlessPI
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +3 石瑞0426 2026-03-19 3/150 2026-03-21 18:59 by RRRKKK
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考! +4 lemonzzn 2026-03-17 7/350 2026-03-21 16:09 by lemonzzn
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工专硕调剂 +7 heming3743 2026-03-16 7/350 2026-03-20 19:31 by zhukairuo
[考研] 环境工程调剂 +9 大可digkids 2026-03-16 9/450 2026-03-20 17:38 by 醉在风里
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
请填处理意见