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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 利用MS构建溶液模型，跑出来VMD显示结果发现水分子（溶液）的键都混乱了
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杨一Yjy

木虫 (初入文坛)

[求助] 利用MS构建溶液模型，跑出来VMD显示结果发现水分子（溶液）的键都混乱了已有1人参与

如图，溶液的键信息混乱是什么原因？是因为在溶液建模过程中有问题还是什么原因？

利用MS构建溶液模型，跑出来VMD显示结果发现水分子（溶液）的键都混乱了
QQ截图20151022093439.png


利用MS构建溶液模型，跑出来VMD显示结果发现水分子（溶液）的键都混乱了-1
QQ截图20151022093456.png
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1楼2015-10-22 09:36:38
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是缺少psf文件
解决方法如下：
1.用vmd产生psf文件
topo readlammpsdata read.data full
animate write psf read.psf

2.在vmd中导入psf文件，再在所导入的psf文件中加载dump文件
导入psf文件
vmd read.psf （此时vmd中不显示任何原子，应该只是读入了拓扑信息）
加载dump.lammpstrj文件
选中read.psf右击load就可以
赞一下 回复此楼
2楼2015-10-22 23:30:57
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tina张

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2015-10-22 23:30:57
应该是缺少psf文件
解决方法如下：
1.用vmd产生psf文件
topo readlammpsdata read.data full
animate write psf read.psf

2.在vmd中导入psf文件，再在所导入的psf文件中加载dump文件
导入psf文件
vmd read ...

你好，我想问一下，分开的两层水分子怎样建模啊？
赞一下 回复此楼
不忘初心
3楼2016-12-12 14:34:20
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