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DS-分子对接问题
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大家在做分子对接的时候，如果从PDB里下载的蛋白复合物是多聚体都怎么处理？是直接删除其他亚基、配体分子和水分子，还是需要对体系进行研究后才能确定？如果不删除也不会有影响吧对吗？有的配体分子存在于多个亚基中，在定义活性位点的时候是不是根据PDB数据库里配体分子展示的那条链中配体分子来定义是这样的吗？ 如果做虚拟筛选，对于最后结果的出示只是前十位或者前多少位吗？是不是也可以根据阳性化合物对接后的打分，最后设定截断值确定最终筛选结果呢？ 大家在挑选蛋白或者对接程序的时候有什么技巧吗？ |
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