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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] DS-分子对接问题

大家在做分子对接的时候,如果从PDB里下载的蛋白复合物是多聚体都怎么处理?是直接删除其他亚基、配体分子和水分子,还是需要对体系进行研究后才能确定?如果不删除也不会有影响吧对吗?有的配体分子存在于多个亚基中,在定义活性位点的时候是不是根据PDB数据库里配体分子展示的那条链中配体分子来定义是这样的吗?

如果做虚拟筛选,对于最后结果的出示只是前十位或者前多少位吗?是不是也可以根据阳性化合物对接后的打分,最后设定截断值确定最终筛选结果呢?

大家在挑选蛋白或者对接程序的时候有什么技巧吗?
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lucky1119

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-10-21 15:19:11
大家在做分子对接的时候,如果从PDB里下载的蛋白复合物是多聚体都怎么处理?是直接删除其他亚基、配体分子和水分子,还是需要对体系进行研究后才能确定?如果不删除也不会有影响吧对吗?有的配体分子存在于多个亚基 ...

也想知道此问题,求高手指教

发自小木虫Android客户端
2楼2015-10-22 17:07:59
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)

你好,我在用Rosetta做虚拟筛选。不过我下的pdb需要先clean,好像是删掉水和亚基。

发自小木虫IOS客户端
3楼2018-06-09 10:34:04
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