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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » VMD显示动力学轨迹的时候如何让每一帧都看到盒子的显示？
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

[求助] VMD显示动力学轨迹的时候如何让每一帧都看到盒子的显示？ 已有1人参与

VMD显示的盒子只能是模拟中某一帧的盒子，想看原子的运动轨迹和盒子的关系，也就是希望盒子能在分子轨迹显示的时候一直有，怎么处理，哪位高人能指点一二，谢谢。
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1楼 2015-10-15 10:27:36
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yoghurt117: 金币+10 2015-10-20 13:37:17
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2楼2015-10-15 13:45:25
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-15 13:45:25
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和pbc set {} 试了，只能在某一帧显示格子，想几万步都显示格子的存在，有办法么
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3楼2015-10-16 09:55:09
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-16 09:55:09
pbc box
和pbc set {} 试了，只能在某一帧显示格子，想几万步都显示格子的存在，有办法么...

不知道你是怎么试的， 我一直都是这么做的， 可以一直显示盒子
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4楼2015-10-18 00:28:15
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 00:28:15
不知道你是怎么试的， 我一直都是这么做的， 可以一直显示盒子...

怎么回事，我这还是不行，打开Traject.xyz，读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box，只能是针对某一帧的，后面想显示盒子就是不行，之后的那些帧运行时，控制台显示

Have you forgotten to set the pbc parameters?

我用的CPMD软件跑的动力学轨迹，不知道是不是和你们的软件不一样
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5楼2015-10-18 20:30:31
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-18 20:30:31
怎么回事，我这还是不行，打开Traject.xyz，读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box，只能是针对某一帧的，后面想显示盒子就是不行，之后的那些帧运行时，控制台显示

Have you forgotten to set the pb ...

xyz格式的文件不包含盒子的信息， 你没法显示
如果你非要显示， 那你需要自己使用代码来做
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6楼2015-10-18 21:47:13
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 21:47:13
xyz格式的文件不包含盒子的信息， 你没法显示
如果你非要显示， 那你需要自己使用代码来做...

能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么？回头我编程处理一下
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7楼2015-10-19 08:44:18
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-19 08:44:18
能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么？回头我编程处理一下...

你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息
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8楼2015-10-19 09:23:21
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-19 09:23:21
你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息...

好的，多谢了
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9楼2015-10-20 13:36:26
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