应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » VMD显示动力学轨迹的时候如何让每一帧都看到盒子的显示？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 3018  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yoghurt117

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] VMD显示动力学轨迹的时候如何让每一帧都看到盒子的显示？ 已有1人参与

VMD显示的盒子只能是模拟中某一帧的盒子，想看原子的运动轨迹和盒子的关系，也就是希望盒子能在分子轨迹显示的时候一直有，怎么处理，哪位高人能指点一二，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
1楼 2015-10-15 10:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

新虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yoghurt117: 金币+10 2015-10-20 13:37:17
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
赞一下 回复此楼
2楼2015-10-15 13:45:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-15 13:45:25
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box
你可以试试
pbc box

pbc box
和pbc set {} 试了，只能在某一帧显示格子，想几万步都显示格子的存在，有办法么
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
3楼2015-10-16 09:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

禁虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-16 09:55:09
pbc box
和pbc set {} 试了，只能在某一帧显示格子，想几万步都显示格子的存在，有办法么...

不知道你是怎么试的， 我一直都是这么做的， 可以一直显示盒子
赞一下 回复此楼
4楼2015-10-18 00:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 00:28:15
不知道你是怎么试的， 我一直都是这么做的， 可以一直显示盒子...

怎么回事，我这还是不行，打开Traject.xyz，读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box，只能是针对某一帧的，后面想显示盒子就是不行，之后的那些帧运行时，控制台显示

Have you forgotten to set the pbc parameters?

我用的CPMD软件跑的动力学轨迹，不知道是不是和你们的软件不一样
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
5楼2015-10-18 20:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

新虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-18 20:30:31
怎么回事，我这还是不行，打开Traject.xyz，读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box，只能是针对某一帧的，后面想显示盒子就是不行，之后的那些帧运行时，控制台显示

Have you forgotten to set the pb ...

xyz格式的文件不包含盒子的信息， 你没法显示
如果你非要显示， 那你需要自己使用代码来做
赞一下 回复此楼
6楼2015-10-18 21:47:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
6楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 21:47:13
xyz格式的文件不包含盒子的信息， 你没法显示
如果你非要显示， 那你需要自己使用代码来做...

能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么？回头我编程处理一下
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
7楼2015-10-19 08:44:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

无虫
引用回帖:
7楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-19 08:44:18
能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么？回头我编程处理一下...

你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息
赞一下 回复此楼
8楼2015-10-19 09:23:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
8楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-19 09:23:21
你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息...

好的，多谢了
回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
9楼2015-10-20 13:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yoghurt117 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856材料与化工调剂，339 +9 10213207 2026-03-31 9/450 2026-04-01 00:49 by fmesaito
[考研] 343求调剂 +8 爱羁绊 2026-03-28 8/400 2026-03-31 16:12 by 不吃魚的貓
[考研] 266分，求材料冶金能源化工等调剂 +8 哇呼哼呼哼 2026-03-27 10/500 2026-03-31 13:35 by Huaxue_Wang
[考研] 调剂310 +13 温柔的晚安 2026-03-25 14/700 2026-03-31 13:03 by 记事本2026
[考研] 南京大学化学调剂 +11 景随风 2026-03-29 16/800 2026-03-31 10:14 by herarysara
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 282求调剂 +3 呼吸都是减肥 2026-03-31 3/150 2026-03-31 10:00 by wangjy2002
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +5 这是有太阳哇 2026-03-25 5/250 2026-03-31 09:59 by luoyongfeng
[考研] 291求调剂 +12 Y-cap 2026-03-29 15/750 2026-03-31 09:25 by Huaxue_Wang
[考研] 08工科求调剂286 +5 tgs_001 2026-03-28 5/250 2026-03-31 08:18 by 一只好果子?
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
[考研] 327求调剂 +5 小卡不卡. 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:30 by Wang200018
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +12 c297914 2026-03-28 12/600 2026-03-29 16:21 by Serene1974
[考研] 0856求调剂 +13 zhn03 2026-03-25 14/700 2026-03-29 08:13 by fmesaito
[考研] 0856，材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭