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yoghurt117

木虫 (正式写手)

[求助] VMD显示动力学轨迹的时候如何让每一帧都看到盒子的显示? 已有1人参与

VMD显示的盒子只能是模拟中某一帧的盒子,想看原子的运动轨迹和盒子的关系,也就是希望盒子能在分子轨迹显示的时候一直有,怎么处理,哪位高人能指点一二,谢谢。
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yoghurt117: 金币+10 2015-10-20 13:37:17
你可以试试
pbc box
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2楼2015-10-15 13:45:25
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-15 13:45:25
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pbc box
和pbc set {} 试了,只能在某一帧显示格子,想几万步都显示格子的存在,有办法么
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的!
3楼2015-10-16 09:55:09
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-16 09:55:09
pbc box
和pbc set {} 试了,只能在某一帧显示格子,想几万步都显示格子的存在,有办法么...

不知道你是怎么试的, 我一直都是这么做的, 可以一直显示盒子
4楼2015-10-18 00:28:15
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 00:28:15
不知道你是怎么试的, 我一直都是这么做的, 可以一直显示盒子...

怎么回事,我这还是不行,打开Traject.xyz,读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box,只能是针对某一帧的,后面想显示盒子就是不行,之后的那些帧运行时,控制台显示

Have you forgotten to set the pbc parameters?

我用的CPMD软件跑的动力学轨迹,不知道是不是和你们的软件不一样
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5楼2015-10-18 20:30:31
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-18 20:30:31
怎么回事,我这还是不行,打开Traject.xyz,读入轨迹后在控制台输入 pbc set{参数}和pbc box,只能是针对某一帧的,后面想显示盒子就是不行,之后的那些帧运行时,控制台显示

Have you forgotten to set the pb ...

xyz格式的文件不包含盒子的信息, 你没法显示
如果你非要显示, 那你需要自己使用代码来做
6楼2015-10-18 21:47:13
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-18 21:47:13
xyz格式的文件不包含盒子的信息, 你没法显示
如果你非要显示, 那你需要自己使用代码来做...

能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么?回头我编程处理一下
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7楼2015-10-19 08:44:18
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by yoghurt117 at 2015-10-19 08:44:18
能给个你的文件包含格子信息的一帧的文件内容么?回头我编程处理一下...

你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息
8楼2015-10-19 09:23:21
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jerkwin at 2015-10-19 09:23:21
你可以是使用pdb格式, 或是gro格式, 或者cif格式(未测试), 这些都可以保存盒子大小信息...

好的,多谢了
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9楼2015-10-20 13:36:26
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