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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs进行到能量最小化出现非法指令的提示，不知道是什么原因
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ynotshhhhh

新虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs进行到能量最小化出现非法指令的提示，不知道是什么原因 已有1人参与

依照网上水的溶菌酶教程模拟，进行到能量最小化那步时，输入 mdrun -v -deffnm em后出现以下问题：
“Reading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)
Using 1 MPI thread
Using 2 OpenMP threads
非法指令 (核心已转储)”

不知道是什么原因，跪求大神指点！
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1楼 2015-10-13 22:01:27
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getengqing

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以在mdp文件中重新设置最小化参数（好像有个优化的终止条件吧），再进行优化，参数既不能太大也不能太小，
需要自己试验出来，由于已经几年没用gromacs了，具体怎么做的现在全忘光了···
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2楼2015-12-29 16:39:40
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