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Ashley_mar

金虫 (小有名气)

[求助] 关于简单水分子力场中范德华力部分的计算问题 已有2人参与

在Tips力场和SPC力场中,水分子之间的力场公式相同,但系数稍不一样,公式由两部分组成,一为库伦力场,一为范德华力场。
就范德华力场公式为A/roo^12-C/roo^6,前部分为斥力部分,后部分为吸力部分,以SPC力场说,A=629.4*10^-3  A^12.kal/mol  , C=625.5  A^6.kal/mol,roo为两个水分子的氧原子间的距离,应该是以A(埃)为单位。由公式可得在roo约为0.3A时吸力和斥力势基本达到平衡,且总势能最低距离也差不多就是0.3A左右。而水分子的直径约为3A这也就是说当两个分子重叠很多(当OO距离为0.3A时)才会有势能低点或吸力斥力平衡出现,这很诡异,按说应该是在分子中心间距为3A时为势能低点。到底问题出在哪里,希望能得到解答,先行谢过!!!
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Ashley_mar

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liwei2888379 at 2015-10-14 10:31:12
我使用UFF力场计算水分子时,与此相似,所用的LJ参数,计算出来的距离单位是为nm,而不是A,所以你需要进行量纲转换。

感谢回帖!
7楼2015-10-16 19:57:44
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是不是没有进行量纲转换呀?怎么你说的很不可信呀?因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右,我估计你没有进行量纲还原,建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧!不过分析时一定要还原量纲,估计你得到的结果需要:0.3*Sigma才是真实的结果。
2楼2015-10-13 08:11:36
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Ashley_mar

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-10-13 08:11:36
你是不是没有进行量纲转换呀?怎么你说的很不可信呀?因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右,我估计你没有进行量纲还原,建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧!不过分 ...

我也纳闷呐,在很多文献中都给了系数A、C的量纲,只要取长度的单位是埃,计算结果势能的量纲就是kal/mol,不存在量纲的变换!
3楼2015-10-13 12:06:28
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chuntao118

新虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Ashley_mar at 2015-10-13 12:06:28
我也纳闷呐,在很多文献中都给了系数A、C的量纲,只要取长度的单位是埃,计算结果势能的量纲就是kal/mol,不存在量纲的变换!...

你说的对,但是文献分析的数据你怎么能确定人家没有通过量纲还原?我只是个人理解你的这个问题,因为我没有过软件,对软件不了解。不过,你有兴趣的话可以研究一下那本书的第八章。也许你的问题就会解决的。
4楼2015-10-14 09:09:34
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