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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 关于简单水分子力场中范德华力部分的计算问题
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Ashley_mar

金虫 (小有名气)

[求助] 关于简单水分子力场中范德华力部分的计算问题 已有2人参与

在Tips力场和SPC力场中，水分子之间的力场公式相同，但系数稍不一样，公式由两部分组成，一为库伦力场，一为范德华力场。
就范德华力场公式为A/roo^12-C/roo^6，前部分为斥力部分，后部分为吸力部分，以SPC力场说，A=629.4*10^-3  A^12.kal/mol  , C=625.5  A^6.kal/mol，roo为两个水分子的氧原子间的距离，应该是以A（埃）为单位。由公式可得在roo约为0.3A时吸力和斥力势基本达到平衡，且总势能最低距离也差不多就是0.3A左右。而水分子的直径约为3A这也就是说当两个分子重叠很多（当OO距离为0.3A时）才会有势能低点或吸力斥力平衡出现，这很诡异，按说应该是在分子中心间距为3A时为势能低点。到底问题出在哪里，希望能得到解答，先行谢过!!!
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1楼 2015-10-12 21:19:52
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ashley_mar at 2015-10-13 12:06:28
我也纳闷呐，在很多文献中都给了系数A、C的量纲，只要取长度的单位是埃，计算结果势能的量纲就是kal/mol，不存在量纲的变换！...

你说的对，但是文献分析的数据你怎么能确定人家没有通过量纲还原？我只是个人理解你的这个问题，因为我没有过软件，对软件不了解。不过，你有兴趣的话可以研究一下那本书的第八章。也许你的问题就会解决的。
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4楼2015-10-14 09:09:34
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是不是没有进行量纲转换呀？怎么你说的很不可信呀？因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右，我估计你没有进行量纲还原，建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧！不过分析时一定要还原量纲，估计你得到的结果需要：0.3*Sigma才是真实的结果。
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2楼2015-10-13 08:11:36
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Ashley_mar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-10-13 08:11:36
你是不是没有进行量纲转换呀？怎么你说的很不可信呀？因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右，我估计你没有进行量纲还原，建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧！不过分 ...

我也纳闷呐，在很多文献中都给了系数A、C的量纲，只要取长度的单位是埃，计算结果势能的量纲就是kal/mol，不存在量纲的变换！
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3楼2015-10-13 12:06:28
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liwei2888379

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我使用UFF力场计算水分子时，与此相似，所用的LJ参数，计算出来的距离单位是为nm，而不是A，所以你需要进行量纲转换。
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o.o
5楼2015-10-14 10:31:12
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