应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 关于简单水分子力场中范德华力部分的计算问题
71/1返回列表
查看: 2110  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Ashley_mar

金虫 (小有名气)

[求助] 关于简单水分子力场中范德华力部分的计算问题 已有2人参与

在Tips力场和SPC力场中，水分子之间的力场公式相同，但系数稍不一样，公式由两部分组成，一为库伦力场，一为范德华力场。
就范德华力场公式为A/roo^12-C/roo^6，前部分为斥力部分，后部分为吸力部分，以SPC力场说，A=629.4*10^-3  A^12.kal/mol  , C=625.5  A^6.kal/mol，roo为两个水分子的氧原子间的距离，应该是以A（埃）为单位。由公式可得在roo约为0.3A时吸力和斥力势基本达到平衡，且总势能最低距离也差不多就是0.3A左右。而水分子的直径约为3A这也就是说当两个分子重叠很多（当OO距离为0.3A时）才会有势能低点或吸力斥力平衡出现，这很诡异，按说应该是在分子中心间距为3A时为势能低点。到底问题出在哪里，希望能得到解答，先行谢过!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-10-12 21:19:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是不是没有进行量纲转换呀？怎么你说的很不可信呀？因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右，我估计你没有进行量纲还原，建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧！不过分析时一定要还原量纲，估计你得到的结果需要：0.3*Sigma才是真实的结果。
赞一下 回复此楼
2楼2015-10-13 08:11:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ashley_mar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-10-13 08:11:36
你是不是没有进行量纲转换呀？怎么你说的很不可信呀？因为这两个模型的水分子中的氢氧键长大约在1A左右，我估计你没有进行量纲还原，建议你参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章吧！不过分 ...

我也纳闷呐，在很多文献中都给了系数A、C的量纲，只要取长度的单位是埃，计算结果势能的量纲就是kal/mol，不存在量纲的变换！
赞一下 回复此楼
3楼2015-10-13 12:06:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ashley_mar at 2015-10-13 12:06:28
我也纳闷呐，在很多文献中都给了系数A、C的量纲，只要取长度的单位是埃，计算结果势能的量纲就是kal/mol，不存在量纲的变换！...

你说的对，但是文献分析的数据你怎么能确定人家没有通过量纲还原？我只是个人理解你的这个问题，因为我没有过软件，对软件不了解。不过，你有兴趣的话可以研究一下那本书的第八章。也许你的问题就会解决的。
赞一下 回复此楼
4楼2015-10-14 09:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liwei2888379

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我使用UFF力场计算水分子时，与此相似，所用的LJ参数，计算出来的距离单位是为nm，而不是A，所以你需要进行量纲转换。
赞一下 回复此楼
o.o
5楼2015-10-14 10:31:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
https://en.wikipedia.org/wiki/Water_model
只看范德华力部分的话，roo=29.3或0.316时，范德华力部分=0；r00=0.3554时，范德华力部分能量最低
但是范德华力部分最低不代表总势能最低啊，你算总势能最低的r00应该把库伦部分考虑进去吧
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2015-10-15 11:01:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ashley_mar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liwei2888379 at 2015-10-14 10:31:12
我使用UFF力场计算水分子时，与此相似，所用的LJ参数，计算出来的距离单位是为nm，而不是A，所以你需要进行量纲转换。

感谢回帖！
回复此楼
7楼2015-10-16 19:57:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Ashley_mar 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 294求调剂 +14 淡然654321 2026-04-15 14/700 2026-04-16 21:01 by lpl364211
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[考研] 271求调剂 +35 2261744733 2026-04-11 37/1850 2026-04-16 13:16 by jiahl2024
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 材料085601调剂 +32 何润采123 2026-04-10 34/1700 2026-04-14 08:47 by 木木mumu～
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 37/1850 2026-04-14 07:39 by Abskk
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +9 求上岸的小王 2026-04-10 9/450 2026-04-13 16:08 by jiangguiquan11
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 359求调剂 +5 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 19:55 by lbsjt
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 08:57 by zhq0425
[考研] 346，工科0854求调剂，专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭