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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS 2.5 clean protein 和对接结果
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chavid

金虫 (正式写手)

[求助] DS 2.5 clean protein 和对接结果 已有2人参与

新手分子对接，发现protein utilities里面的clean protein功能点了没反应（就是蛋白构象提出，加H，补充不完整的残基等）。重装后也不行，所有路径都是英文。另外我用小分子和蛋白的对接结果里面，小分子全在蛋白表面，根本没进去那个结合球，和已经报道的蛋白和小分子的共晶结合差的十万八千里（我的结合球是按照报道的共晶来设置的，而且我的化合物比报道的小分子还要小，不可能进去不了的）。折磨我好几天了，先发50G币，真有人帮我解决了再送100G
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药物化学导向的化学生物学
1楼 2015-10-10 15:51:12
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wadecau

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chavid: 金币+5, ★有帮助 2015-10-14 13:24:58
clean protein 要先在preference-protein utility-clean protein里面设置一下才行的。那里面有加氢什么的的选项，都在那了，打钩就行了
对接就不太知道，我也才开始学。。。
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2楼2015-10-11 00:13:06
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308866814

新虫 (初入文坛)
楼主用的win10吧，换换win7试一下行不行，我用10跑步出来结果，换操作系统后就好啦。

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-10-13 10:29:27
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chavid

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 308866814 at 2015-10-13 10:29:27
楼主用的win10吧，换换win7试一下行不行，我用10跑步出来结果，换操作系统后就好啦。

我的就是win7啊
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药物化学导向的化学生物学
4楼2015-10-14 13:25:10
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rego_wang

新虫 (小有名气)
大神们，求Autodock软件，可以下载可以用的，谢谢啦
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5楼2015-10-20 09:22:27
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珍维永久

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1. protein utilities中选项需要打钩勾选
2. 是否选中蛋白了，当前的活动窗口
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6楼2015-10-21 15:00:09
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