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请教slab模型的测试等问题 已有2人参与
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学生用的是ms建表面模型，vasp计算，在此请教各路大神slab模型的测试等问题： ①测试表面slab模型的真空层厚度，slab厚度和弛豫的原子层厚度的时候需要进行结构优化吗，还是直接静态计算，测试好后再优化？如果需要优化那计算量相当庞大，如果不优化也就是不进行弛豫那就测不出要弛豫多少层原子？然后测试时关注的是表面能和层间距？看了很多贴还是很晕头，具体这些测试是怎么个测法，还请有经验的大神们详细告知。拜谢了！  ②建构的slab模型需要严格按照化学计量比吗？是否需要先保证化学计量比之后才考虑对称性和极性的问题？然后是否在测试slab厚度也需要保证选取的厚度都符合化学计量比？ ③极性面是不是在真实情况下不能稳定存在，所以需要通过表面重构来使表面稳定，才能算出表面能？对应到计算中就没法得到一个收敛的表面能，所以需要进行偶极矩矫正才能得到稳定的表面能，那么这个偶极矩矫正和表面重构是同一个性质的东西，还是偶极矩矫正后还需要进行重构？重构是通过什么方式来实现的？ ④MS中在选择终端原子时很难在top那一步就设置到想要的，但如果先把slab厚度设置足够大，再手动删除会方便很多，但删减后的slab厚度就不知道怎么看了？ 真空层需要调整的话可以通过rebuild crystal中的晶胞参数来设置，这样应该不会改变盒子中原子的相对位置吧？ 还有ms中可以只移动盒子的位置，不移动盒子中原子的位置，也就是我想调整一下盒子和胞中原子的相对位置，有这功能吗？ 感激不尽 |
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 vasp 第一性原理 |
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1.首先收敛性测试包括很多，可以测试真空厚度，也可以测试slab应该多厚够用，还可以测试slab中要固定多少层，这些都是各自独立的测试。比如测真空厚度时候，只改变真空厚度，不弛豫，看总能量随真空的改变；测固定多少层时，不改变真空厚度，只改变固定的层数，做结构弛豫计算，看层间距和化学键长度。不同的收敛性测试不要混在一起，要控制变量 2.构建表面的化学计量比，比如构建TiO2，一般希望构建的slab里Ti和O是1:2，这样有两个好处，一是Ti和O直接电子转移情况和bulk TiO2类似，能形成close shell电子结构，体系比较稳定，二是算表面能的时候比较方便，直接把总能减去N个TiO2的能量再除以二就好了。但有的表面比较特殊，就是比例和bulk的不同，这也是没办法的，这种情况表面能的定义需要引入化学势的概念 3.表面重构和dipole修正。首先，把上表面的原子移到下表面不算表面重构，这种移动只是构建一个合理表面所必须做的步骤。Dipole修正也不是表面重构，有些表面确实带有极性，这时候需要dipole correction来修正total energy和electrical potential，大部分的模拟软件也都有这个功能。所谓表面重构是指表面的结构和直接从bulk structure切出来的不一样，可能会在表面添加原子，从而降低surface energy和surface stress，让表面更稳定。 4. 把top和thickness两个参数一起调整，同时监控property窗口里每种原子的个数，来构建合适的slab，也要尽量让表面的原子的dangling bonds数量尽可能少一点。 至于移动盒子问题，是通过同时选中所有原子，让这所有原子一起移到来实现的 |
郑亚鹏6楼2015-09-30 21:28:57
guaiguaizhxd
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xiewei娜: 金币+5, ★有帮助 2015-09-30 17:11:20
xiewei娜: 金币+5, ★有帮助 2015-09-30 17:11:20
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当然要优化，看层间距。 表面稳不稳定看表面形成能呗。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2015-09-30 13:17:31
