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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题
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xiewei娜

银虫 (小有名气)

[求助] 请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题 已有3人参与

学生想用MS建表面slab模型，并用于vasp的计算，遇到几个疑难问题，希望有经验的老师前辈帮忙解答，感激不尽！
①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？
②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法很笨，对着MS的可视化模型手动找坐标然后对应到POSCAR里面设置，这样做很容易出错，不知道有没有更简便的方法？
③对于slab的厚度在ms建模的时候就可以设置的，但对于弛豫的原子层厚度，可以从哪里读取数据还是如何测得呢？如果需要同时弛豫上下表面的原子的话，是不是还要保证上下弛豫的原子层厚度一样呢？
④建表面模型加真空层后还需要建超胞吗，怎么考虑要不要建表面超胞呢？
⑤以下展示我建表面slab模型的具体操作，错误或遗漏的地方希望前辈们能加以指正：

请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-1
I[MAK0LMZDQ3V%XLQ%1N0{4.png


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-2
FBT8{S4CKCJREC9G7G${3YA.png


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-3
LNKU~JHY8U5SAN6SZ`C}$8G.png


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-4
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1楼 2015-09-14 22:13:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

大海12345

木虫 (正式写手)

小白

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiewei娜: 金币+4, ★有帮助 2015-09-15 08:32:31
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-18 07:55:57
关于上下表面的问题可以参考文献，大部分算的是上表面，固定底层几层原子。固定可以通过工具选中在modify里面有个constrait就是固定位置。导出vasp只要看z方向坐标查层数即可。个人认为周期性结构加真空层不需要扩胞吧。个人愚见，期待大神指点。

发自小木虫Android客户端
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前途只能靠自己，记着你的责任与承诺
2楼2015-09-15 07:12:56
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普通回帖

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiewei娜: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-15 08:29:26
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2015-09-18 07:56:04
①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？
建立表面的话，最好上下对称，即上下都弛豫，这样可以避免体系产生偶极。
②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法很笨，对着MS的可视化模型手动找坐标然后对应到POSCAR里面设置，这样做很容易出错，不知道有没有更简便的方法？
自己编一个shell脚本，大致算法是，确定坐标开始的行数---每行坐标的第三列是z坐标----制定z坐标范围条件，并在其后面添加相应固定符号
③对于slab的厚度在ms建模的时候就可以设置的，但对于弛豫的原子层厚度，可以从哪里读取数据还是如何测得呢？
弛豫的厚度测试其实就是固定层数的测试，如果你固定的那几层在弛豫后键长层间距变化不大的话，说明是体相性质，固定得比较合适。因为表面是体相的延伸。
如果需要同时弛豫上下表面的原子的话，是不是还要保证上下弛豫的原子层厚度一样呢？
是的

④建表面模型加真空层后还需要建超胞吗，怎么考虑要不要建表面超胞呢？
一般不需要，除非你要做界面模型。具体请看文献。
⑤以下展示我建表面slab模型的具体操作，错误或遗漏的地方希望前辈们能加以指正：
1、真空层最好取15-20埃，具体需要测试
2、表面层数太少
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
3楼2015-09-15 07:28:00
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by magicmonk at 2015-09-15 07:28:00
①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？
建立表面的话，最好上下对称，即上下都弛豫，这样可以避免体系产生偶极。
②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法 ...

感谢你的解答！
用脚本文件的话感觉还是很困难，有没有相应模板可以学习呢？
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4楼2015-09-15 08:32:06
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 大海12345 at 2015-09-15 07:12:56
关于上下表面的问题可以参考文献，大部分算的是上表面，固定底层几层原子。固定可以通过工具选中在modify里面有个constrait就是固定位置。导出vasp只要看z方向坐标查层数即可。个人认为周期性结构加真空层不需要扩胞 ...

我看constrait里面固定的都是总体结构的参数，选择性固定原子的，可以再详细解说一下怎么操作吗
请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-5
K{P~7]RCGD]E[7_}ZRSCS]Q.png


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-6
L$M7HI}Q9S~_Q9B2EE7O89R.png


请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题-7
`FYY7[04D5SXQ$SUO]%]1T0.png
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5楼2015-09-15 08:36:17
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by magicmonk at 2015-09-15 07:28:00
①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？
建立表面的话，最好上下对称，即上下都弛豫，这样可以避免体系产生偶极。
②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法 ...

我看文献也会算到极性表面的，那种稳定的极性表面也是可以存在的，但好像极性面由于存在偶极矩算表面能会比较麻烦，请问这个具体需要注意什么问题吗？
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6楼2015-09-15 08:41:32
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-18 07:56:14
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiewei娜 at 2015-09-15 08:41:32
我看文献也会算到极性表面的，那种稳定的极性表面也是可以存在的，但好像极性面由于存在偶极矩算表面能会比较麻烦，请问这个具体需要注意什么问题吗？...

需要进行偶极校正，vasp手册里有讲
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
7楼2015-09-15 09:05:13
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-18 07:56:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiewei娜 at 2015-09-15 08:36:17
我看constrait里面固定的都是总体结构的参数，选择性固定原子的，可以再详细解说一下怎么操作吗

K{P~7]RCGD]EQ.png

L$M7HI}Q9S~_Q9B2EE7O89R.png

`FYY7%]1T0.png
...

我主要用vasp，对MS不太熟，抱歉！
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
8楼2015-09-15 09:06:15
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大海12345

木虫 (正式写手)

小白
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiewei娜 at 2015-09-15 08:36:17
我看constrait里面固定的都是总体结构的参数，选择性固定原子的，可以再详细解说一下怎么操作吗

K{P~7]RCGD]EQ.png

L$M7HI}Q9S~_Q9B2EE7O89R.png

`FYY7%]1T0.png
...

固定分数位置即可，要是想让某个方向固定就选上面的
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前途只能靠自己，记着你的责任与承诺
9楼2015-09-15 09:27:28
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 大海12345 at 2015-09-15 09:27:28
固定分数位置即可，要是想让某个方向固定就选上面的...

按你这样做的话会不会所有原子的设置都一样，我想达到的效果是上下表面原子不固定，中间的固定。
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10楼2015-09-15 15:29:44
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