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请教MS建表面slab模型在转为POSCAR文件过程的若干问题 已有3人参与
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学生想用MS建表面slab模型，并用于vasp的计算，遇到几个疑难问题，希望有经验的老师前辈帮忙解答，感激不尽！ ①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？ ②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法很笨，对着MS的可视化模型手动找坐标然后对应到POSCAR里面设置，这样做很容易出错，不知道有没有更简便的方法？ ③对于slab的厚度在ms建模的时候就可以设置的，但对于弛豫的原子层厚度，可以从哪里读取数据还是如何测得呢？如果需要同时弛豫上下表面的原子的话，是不是还要保证上下弛豫的原子层厚度一样呢？ ④建表面模型加真空层后还需要建超胞吗，怎么考虑要不要建表面超胞呢？ ⑤以下展示我建表面slab模型的具体操作，错误或遗漏的地方希望前辈们能加以指正：   I[MAK0LMZDQ3V%XLQ%1N0{4.png  FBT8{S4CKCJREC9G7G${3YA.png  LNKU~JHY8U5SAN6SZ`C}$8G.png  ~NPHI%L~95~G39KBWC5M8EA.png |
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关于上下表面的问题可以参考文献，大部分算的是上表面，固定底层几层原子。固定可以通过工具选中在modify里面有个constrait就是固定位置。导出vasp只要看z方向坐标查层数即可。个人认为周期性结构加真空层不需要扩胞吧。个人愚见，期待大神指点。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2015-09-15 07:12:56
magicmonk
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①优化slab模型时固定中间几层的原子，而弛豫最接近表面的几层原子，是否上下表面都需要弛豫？ 建立表面的话，最好上下对称，即上下都弛豫，这样可以避免体系产生偶极。 ②在是否固定原子坐标这个设置上我用的方法很笨，对着MS的可视化模型手动找坐标然后对应到POSCAR里面设置，这样做很容易出错，不知道有没有更简便的方法？ 自己编一个shell脚本，大致算法是，确定坐标开始的行数---每行坐标的第三列是z坐标----制定z坐标范围条件，并在其后面添加相应固定符号 ③对于slab的厚度在ms建模的时候就可以设置的，但对于弛豫的原子层厚度，可以从哪里读取数据还是如何测得呢？ 弛豫的厚度测试其实就是固定层数的测试，如果你固定的那几层在弛豫后键长层间距变化不大的话，说明是体相性质，固定得比较合适。因为表面是体相的延伸。 如果需要同时弛豫上下表面的原子的话，是不是还要保证上下弛豫的原子层厚度一样呢？ 是的 ④建表面模型加真空层后还需要建超胞吗，怎么考虑要不要建表面超胞呢？ 一般不需要，除非你要做界面模型。具体请看文献。 ⑤以下展示我建表面slab模型的具体操作，错误或遗漏的地方希望前辈们能加以指正： 1、真空层最好取15-20埃，具体需要测试 2、表面层数太少 |
3楼2015-09-15 07:28:00
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8楼2015-09-15 09:06:15
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