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请教slab模型的测试等问题 已有2人参与
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学生用的是ms建表面模型，vasp计算，在此请教各路大神slab模型的测试等问题： ①测试表面slab模型的真空层厚度，slab厚度和弛豫的原子层厚度的时候需要进行结构优化吗，还是直接静态计算，测试好后再优化？如果需要优化那计算量相当庞大，如果不优化也就是不进行弛豫那就测不出要弛豫多少层原子？然后测试时关注的是表面能和层间距？看了很多贴还是很晕头，具体这些测试是怎么个测法，还请有经验的大神们详细告知。拜谢了！  ②建构的slab模型需要严格按照化学计量比吗？是否需要先保证化学计量比之后才考虑对称性和极性的问题？然后是否在测试slab厚度也需要保证选取的厚度都符合化学计量比？ ③极性面是不是在真实情况下不能稳定存在，所以需要通过表面重构来使表面稳定，才能算出表面能？对应到计算中就没法得到一个收敛的表面能，所以需要进行偶极矩矫正才能得到稳定的表面能，那么这个偶极矩矫正和表面重构是同一个性质的东西，还是偶极矩矫正后还需要进行重构？重构是通过什么方式来实现的？ ④MS中在选择终端原子时很难在top那一步就设置到想要的，但如果先把slab厚度设置足够大，再手动删除会方便很多，但删减后的slab厚度就不知道怎么看了？ 真空层需要调整的话可以通过rebuild crystal中的晶胞参数来设置，这样应该不会改变盒子中原子的相对位置吧？ 还有ms中可以只移动盒子的位置，不移动盒子中原子的位置，也就是我想调整一下盒子和胞中原子的相对位置，有这功能吗？ 感激不尽 |
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 vasp 第一性原理 |
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2楼2015-09-29 17:40:24
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1.首先收敛性测试包括很多，可以测试真空厚度，也可以测试slab应该多厚够用，还可以测试slab中要固定多少层，这些都是各自独立的测试。比如测真空厚度时候，只改变真空厚度，不弛豫，看总能量随真空的改变；测固定多少层时，不改变真空厚度，只改变固定的层数，做结构弛豫计算，看层间距和化学键长度。不同的收敛性测试不要混在一起，要控制变量 2.构建表面的化学计量比，比如构建TiO2，一般希望构建的slab里Ti和O是1:2，这样有两个好处，一是Ti和O直接电子转移情况和bulk TiO2类似，能形成close shell电子结构，体系比较稳定，二是算表面能的时候比较方便，直接把总能减去N个TiO2的能量再除以二就好了。但有的表面比较特殊，就是比例和bulk的不同，这也是没办法的，这种情况表面能的定义需要引入化学势的概念 3.表面重构和dipole修正。首先，把上表面的原子移到下表面不算表面重构，这种移动只是构建一个合理表面所必须做的步骤。Dipole修正也不是表面重构，有些表面确实带有极性，这时候需要dipole correction来修正total energy和electrical potential，大部分的模拟软件也都有这个功能。所谓表面重构是指表面的结构和直接从bulk structure切出来的不一样，可能会在表面添加原子，从而降低surface energy和surface stress，让表面更稳定。 4. 把top和thickness两个参数一起调整，同时监控property窗口里每种原子的个数，来构建合适的slab，也要尽量让表面的原子的dangling bonds数量尽可能少一点。 至于移动盒子问题，是通过同时选中所有原子，让这所有原子一起移到来实现的 |
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郑亚鹏6楼2015-09-30 21:28:57
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你知道vasp是以周期性结构为单位做计算的。因此所谓的slab也是一个超大的胞带着一个真空层罢了。如果此时slab不对称，那么上下表面之间就会有电场。而静电力本身又是一种长程作用力，很大的真空层也很难衰减掉。因此在vasp中通过软件引入一个偶极子去抵消这个实际不存在的静电势就可以了。 发自小木虫Android客户端 |
9楼2015-10-03 11:07:17
3楼2015-09-30 09:24:41
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当然要优化，看层间距。 表面稳不稳定看表面形成能呗。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2015-09-30 13:17:31
5楼2015-09-30 17:11:08
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