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finding1371

银虫 (小有名气)

[求助] 小白求真菌分子鉴定结果分析,大神们多多指导,谢谢已有2人参与

我筛到一批真菌菌株,做了18srDNA分子鉴定,片段基本都是500多bp,在ncbi上比对分析,大部分菌的ident一栏都是100%,99%的,有一个菌的是96%或以下,且是对应的多是Uncultured fungus genes,形态观察看不出像是什么真菌,感觉鉴定这个菌好难啊,求高人多多指导,我下面该怎么开展实验呢,另外构建进化树的话,我想把这筛的这些菌和已报道的菌进行聚类分析,就是出一张图,该用什么软件呢,
谢谢啦。
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
finding1371: 金币+1, ★★★很有帮助, 非常感谢~ 2015-09-24 21:23:18
我觉得 真菌的分子鉴定,ITS比18S好吧。进化树我用MEGA
2楼2015-09-23 23:47:46
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
finding1371: 金币+1, ★★★很有帮助, 非常感谢~ 2015-09-24 21:24:23
你确定18s那么短?测个全长试试,还有你可以再测一下ITS全长,如果结果都差不多,那就可能是一个新种,再进一步的做做形态鉴定,可以发表一篇sci

发自小木虫Android客户端
但行好事,莫问前程
3楼2015-09-24 09:11:39
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finding1371

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2015-09-23 23:47:46
我觉得 真菌的分子鉴定,ITS比18S好吧。进化树我用MEGA

谢谢了,不好意思,我说错了,用的是ITS1 4 引物扩的
4楼2015-09-24 21:24:13
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finding1371

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 20093651 at 2015-09-24 09:11:39
你确定18s那么短?测个全长试试,还有你可以再测一下ITS全长,如果结果都差不多,那就可能是一个新种,再进一步的做做形态鉴定,可以发表一篇sci

谢谢,我说错了,是ITS序列,一般同源性低于多少可能是新种呢,现在就想赶紧补实验,捉急没论文呢,另外想问下,测出的ITS序列,能分析ITS1 ,5.8S 和ITS2 区碱基间隔吗,求多指教,非常感谢啦~
5楼2015-09-24 21:29:09
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