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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [求助]关于gromacs中RDF的计算
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]关于gromacs中RDF的计算

我想算一个液体体系，这个液体是由阴阳离子组成的，其中阴阳离子间是通过氢键和静电相互作用相互链接的，并且我只想算算纯的液体体系，不想向其中加入其他分子，那么在分析中我想计算阳离子在阴离子周围的RDF，如果这样是不是在建itp文件时必须把阴离子和阳离子分别看成单个的分子？并在建初始构型时要分开建立？有完全由阴离子或阳离子组成的分子吗？还有其他解决办法吗？我将它看成是一个分子，在计算rdf的时候能计算阴离子在阳离子周围的径向分布函数吗？请大家指教！
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1楼 2008-09-01 08:56:52
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
离子液体？

没做过多原子体系与周围多原子体系的rdf，怎么判断啊？

帮顶
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2楼2008-09-01 09:26:41
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gromacs

银虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
本身你在建立itp的时候阳离子和阴离子就是看作单个分子的，我不清楚你是否懂如何计算rdf，但对于你的问题我的回答是肯定的
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"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
3楼2008-09-01 16:38:30
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glai8818

木虫 (著名写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
把阴阳离子分别看作单个的分子去处理应该是可行的。
赞一下(10人) 回复此楼
.....
4楼2008-09-13 22:10:26
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