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[求助]关于gromacs中RDF的计算
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| 我想算一个液体体系,这个液体是由阴阳离子组成的,其中阴阳离子间是通过氢键和静电相互作用相互链接的,并且我只想算算纯的液体体系,不想向其中加入其他分子,那么在分析中我想计算阳离子在阴离子周围的RDF,如果这样是不是在建itp文件时必须把阴离子和阳离子分别看成单个的分子?并在建初始构型时要分开建立?有完全由阴离子或阳离子组成的分子吗?还有其他解决办法吗?我将它看成是一个分子,在计算rdf的时候能计算阴离子在阳离子周围的径向分布函数吗?请大家指教! |
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shalene
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