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suny2005

木虫 (小有名气)

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[交流] [求助]关于gromacs中RDF的计算

我想算一个液体体系，这个液体是由阴阳离子组成的，其中阴阳离子间是通过氢键和静电相互作用相互链接的，并且我只想算算纯的液体体系，不想向其中加入其他分子，那么在分析中我想计算阳离子在阴离子周围的RDF，如果这样是不是在建itp文件时必须把阴离子和阳离子分别看成单个的分子？并在建初始构型时要分开建立？有完全由阴离子或阳离子组成的分子吗？还有其他解决办法吗？我将它看成是一个分子，在计算rdf的时候能计算阴离子在阳离子周围的径向分布函数吗？请大家指教！

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