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HX91926

铜虫 (小有名气)

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专业: 生物化学

[求助] 测序结果怎么看对不对啊已有7人参与

小弟导师做生物化学的，然后需要用几个真核蛋白，于是就转到大肠杆菌里，不表达。
导师说基因是人家处理过的，公司处理的可以在原核表达，公司怎么处理我就不知道了。
于是我就送去测了个序，公司说只有正向成功了，反向不成功，要单向测，我也不懂，就说好。
于是想先把送回来这个正向的看看。在线做的ncbi blast和开放阅读框不太明白。

不明白的是
1.这个开放阅读框最大的也才80个氨基酸，那应该是不太对把，比对结果是与mrna相似，应该是去掉内含子的，那怎么这样？
2，每个阅读框的起始为什么不是甲硫氨酸？起始是怎么算的？
3.blast比对结果具体怎么看，貌似相似度挺高的，有没有可能是一两个基因不对，就不表达？
会不会是测序问题，等单向测序出来了可能就不是这个结果了

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1楼 2015-09-21 19:01:24

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专业: 植物生殖生物学

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-09-22 12:11:04

我以前在测序公司上班，测序的人只负责你送来的样品，不会关心你的样品是什么，也不知道你的样品的信息。建议你单向测序，是反向测不过去，有特殊结构；至于结果没测好，原因有好几个：样品问题，引物问题，操作问题和机器问题。机器如果出问题，那出错的不止影响你一个人的结果，很容易被查出来，操作问题一般会被发结果的人看出来，也就不会发给你，当然有极小的情况没看出来，这是要扣工资的。所以一般都是样品问题或者引物有问题，好好确认下你的样品，和送的测序引物，然后问下你们老板，你的目的基因是不是有什么特殊结构。希望打这么多字能帮助到你一点。