24小时热门版块排行榜    

查看: 998  |  回复: 9
当前主题已经存档。

ccc13

[交流] 【求助】溶剂化找过渡态时l301出错

溶剂化效应计算时 多次出现类似的情况,请前辈们帮忙看看是什么毛病。谢谢!

输入命令(溶剂化效应下找过渡态):
%chk=402ts.chk
%rwf=x1,200MW,x2,200MW,x3,200MW,x4,200MW,x5,200MW,x6,200MW,x7,-1
%mem=500mb
%nproc=1
# Opt(QST3,Noeigen,maxcycle=1000) B3LYP/6-31+g(d,p) pop=nbo freq scrf=(IEFPCM,read,solvent=water)
……(下面是产物、反映物、过渡态的分子信息)(用过这组命令曾经计算出过过渡态)

输出文件最后部分:
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.
Error termination via Lnk1e in e:\g03\l301.exe at Wed Jan 01 12:43:01 2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 10.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1338 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccc13

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
我比较了一下用同一行命令,那个曾经算出来的和这些算不出来的区别是:算不出来的共同点是在溶剂化效应下找过渡态都有质子氢的转移,出来结果的没有质子氢转移。而且out文件中也说“UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.”其中H13就是转移的质子。
请问能不能给指导一下,该怎样修改才能往下算。心切啊。谢谢啦!!!
2楼2008-09-02 09:04:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangji3013

金虫 (小有名气)


灯塔守望者(金币+1):谢谢您的解答
如果有质子迁移,溶剂化是算不出来的
3楼2008-10-16 15:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wxjbuilder

木虫 (知名作家)


灯塔守望者(金币+1):谢谢您的解答
把原子半径设成UFF的原子半径试试
RADII=UFF
悠悠天地,奈何独立苍茫?
4楼2008-10-17 21:33:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccc13

引用回帖:
Originally posted by zhangji3013 at 2008-10-16 15:30:
如果有质子迁移,溶剂化是算不出来的

请问我用b3lyp,如果用了RADII=uahf 是不是不合理啊?我好多东西现在都已经用这个处理了,可以吗?
还有就是放溶剂中优化过程,有几个老是l9999出错。我试过加大循环的步数(opt(maxcycle=200)),不行;也曾经换用其他方法和小基组先算,然后在换大机组,也不行;发现能量在振荡变化还不小,检查一下初始构型没什么问题,也多次尝试手工调整过,再从头优化,但都失败了。
   其中:
Maximum Force    ………………        no
RMS     Force            ………………  no
Maximum Displacement   …………   yes
RMS     Displacement        ………… yes
最好的情况后两个或一个出YES,而前两个每次都是NO

急切盼望着您的解答~
5楼2008-11-10 10:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张文艳

交流


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
l301出错的话,你试着改一下电荷数和多重度,有可能使这里出错了
6楼2008-11-10 16:55:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wonderflyer

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
我算溶剂化效应,一般会选UAHF半径。因为这个选项适合范围更广。它只是用HF方法评估溶质半径的一种方法,只要都在一种方法下计算有可比性就行。
在溶剂中优化构型,一般收敛不容易。有的构型即使你使用了各种措施也不一定收敛。所以有时评估溶剂化效应就不得不在气相优化的构型基础上进行,许多文献也是这么做的。
7楼2008-11-10 17:02:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccc13

引用回帖:
Originally posted by wonderflyer at 2008-11-10 17:02:
我算溶剂化效应,一般会选。因为这个选项适合范围更广。它只是用HF方法评估溶质半径的一种方法,只要都在一种方法下计算有可比性就行。
在溶剂中优化构型,一般收敛不容易。有的构型即使你使用了各种措施 ...

说的很实用!非常感谢!
还有需要请教的:我是在算一系列不是很大的东西,现在大部分东西都用UAHF半径算了,包括反应复合物、产物、过渡态、、、只要少数出不来,愁死了,那如果只是这几种使用溶剂化下的uao半径或者干脆用气相的构型在uahf下算单点能,那结论应该就不可靠了吧? 我曾比较过uao、uahf和气相中的能量,差别很大呢。我该咋弄啊
8楼2008-11-11 09:15:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wonderflyer

木虫 (正式写手)

结果会差别很大,所以你所有的计算方法包括所选用的参数必须一致,否则没有可比性。
9楼2008-11-17 08:23:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)

PCM的UAO模型中氢原子是依附在重原子上的,如果过渡态中发生氢原子转移,PCM就会报错。

解决办法就是换一种RADII选项,具体选项看高斯手册。
10楼2008-11-17 14:07:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ccc13 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:45 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 12:35 by 40ms4Wlo4umh
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
[有机交流] 科研求助 10+4 我吃一只鱼 2026-09-07 4/200 2026-09-10 08:32 by 0940628
信息提示
请填处理意见