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linglingerl

金虫 (初入文坛)

[求助] 纯度不太好的未知蛋白测序是做N端测序好还是二级质谱好 已有6人参与

我从蘑菇里面提取蛋白,经过初步分离后,SDS-PAGE显示出比较富集的蛋白条带,但是暂时没办法再进一步纯化,由于时间关系想先测个序,但是不知道N端测序和LS-MS-MS测序那个比较好。
我现在不清楚蛋白的纯度,分子量。想做N端测序吧,又怕那个SDS-PAGE条带只是蛋白异质多聚体中的一个亚基,这样的话测N端只是测了一个部分的亚基,意义不大,还得再做,但是做LS-MS-MS吧,我又不太了解,听说这个可以把SDS-PAGE上相同位置上的不同蛋白的序列测出来,但在网上看见这句话“我今天咨询了一下,因为是未知蛋白,工程师的意思好像N端测序是测定,质谱一般用来做鉴定,所以N端测序优先,如果实在测不出来再用质谱。”这个让我很纠结,这句话里面的质谱是指一级质谱吗?怎么和我咨询的不一样呢?
求各位虫友指导!我到底是做N端测序好还是二级质谱好?
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jjf139

金虫 (著名写手)

新药研发&药物分析

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议先做个电泳,看看纯度和大致分子量,再决定去N端测序或者LC-MS/MS鉴定,LC-MS/MS既可以测序,又可以鉴定。Edman降解被广泛用于蛋白质的N-末端测定中,两种情况很难甚至不可能通过Edman降解确定N端,N 端封闭或者修饰,多个N 端。
2楼2015-09-21 15:46:59
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xy531483760

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我最近看的一篇提取的大量蛋白质什么的,先做了二维色谱。然后质谱然后埃德曼法的N端测序得出蛋白质
比较笨的小虫虫
3楼2015-09-21 21:09:37
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随堂笔迹

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
过个柱子纯化一下也花不了多少时间

发自小木虫Android客户端
4楼2015-09-21 23:45:17
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

SDS-PAGE发上来,不然无从解答。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
5楼2015-09-22 03:45:23
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
FYI:N端测序可得氨基酸序列,跟蛋白是已知或未知无关。质谱只根据已知特征峰判断,确认已知蛋白氨基酸序列,对未知(不在信息库里的特征谱值)无能为力,不能发现新蛋白。
6楼2015-09-22 06:31:04
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穿白大褂约会

禁言 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

7楼2015-09-24 14:59:08
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asked6188

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

纯度不够得话最好还是切胶做质谱 质谱既能鉴定 也能测序
8楼2015-09-24 15:09:18
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