应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » autodocktools里设置grid参数后无法保存
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 3059  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

510王力宏

新虫 (初入文坛)

[求助] autodocktools里设置grid参数后无法保存 已有1人参与


我是按照grid→set map types →choose ligand选中的小分子之后才设置的参数，设置完之后保存之后，再按grid→output就出现这个图标了

我第一次接触autodock，请大家多指教啊！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-09-18 19:52:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧...

我还想问一下。。。
我在运行 run autodock时，会出错误。提示是：too few values read in  check grid map'a'    还有error:error in readmap  unsuccessful completion  这些提示都是关于autodock4的，而在运行autogrid 时没有错误
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2015-09-22 17:02:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

a86052

金虫 (正式写手)
看不见图片。。
回复此楼
2楼2015-09-19 09:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 09:43:58
看不见图片。。

图片是弹出的警告：you must choose a macromolecule before writing gpf
赞一下 回复此楼
3楼2015-09-19 13:22:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
510王力宏: 金币+5, ★有帮助 2015-09-21 22:46:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-19 13:22:28
图片是弹出的警告：you must choose a macromolecule before writing gpf...

这意思不就是你没选择大分子吗，grid-macromolecule-choose（或者open），选择你的蛋白分子，这个选了吗？
赞一下 回复此楼
4楼2015-09-19 14:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 14:10:00
这意思不就是你没选择大分子吗，grid-macromolecule-choose（或者open），选择你的蛋白分子，这个选了吗？...

谢谢！那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗
赞一下 回复此楼
5楼2015-09-21 19:06:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a86052

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-21 19:06:37
谢谢！那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗...

我不太明白你的意思，你说的grid box参数指的是box的大小吗？这个是要划定在你蛋白的结合口袋处
赞一下 回复此楼
6楼2015-09-22 09:01:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 09:01:22
我不太明白你的意思，你说的grid box参数指的是box的大小吗？这个是要划定在你蛋白的结合口袋处...

对的，是BOX的大小。那每个不同的受体，是不是就要有自己的结合口袋？如果box范围不包括这个结合口袋，是不是后续的对接是没有结果的？谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2015-09-22 15:03:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a86052

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-22 15:03:06
对的，是BOX的大小。那每个不同的受体，是不是就要有自己的结合口袋？如果box范围不包括这个结合口袋，是不是后续的对接是没有结果的？谢谢...

每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧
赞一下 回复此楼
8楼2015-09-22 15:50:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧...

好的，谢谢！
回复此楼
9楼2015-09-22 16:30:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 510王力宏 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +13 新时代材料 2026-03-27 13/650 2026-03-29 01:16 by 544594351
[考研] 086000生物与医药调剂 +3 Feisty。 2026-03-28 7/350 2026-03-29 00:41 by 544594351
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 求调剂 +3 QiMing7 2026-03-25 4/200 2026-03-28 14:30 by QiMing7
[考研] 394求调剂 +3 好事多磨静候佳� 2026-03-26 5/250 2026-03-28 14:24 by 唐沐儿
[考研] 0703一志愿9，初试成绩：338，四六级已过，有科研经历，求调剂！ +4 Zuhui0306 2026-03-25 4/200 2026-03-28 13:07 by 唐沐儿
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 292求调剂 +4 求求了收下我吧� 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂 +5 SYA！ 2026-03-23 5/250 2026-03-27 09:29 by 不吃魚的貓
[考研] 343求调剂 +4 赠我一本书 2026-03-23 4/200 2026-03-27 00:40 by wxiongid
[考研] 336材料求调剂 +7 陈滢莹 2026-03-26 9/450 2026-03-27 00:20 by wxiongid
[考研] 325求调剂 +3 Aoyijiang 2026-03-23 3/150 2026-03-26 20:46 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 机械学硕310分，数一英一，一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭