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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » autodocktools里设置grid参数后无法保存
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

[求助] autodocktools里设置grid参数后无法保存 已有1人参与


我是按照grid→set map types →choose ligand选中的小分子之后才设置的参数，设置完之后保存之后，再按grid→output就出现这个图标了

我第一次接触autodock，请大家多指教啊！
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1楼 2015-09-18 19:52:20
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510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧...

我还想问一下。。。
我在运行 run autodock时，会出错误。提示是：too few values read in  check grid map'a'    还有error:error in readmap  unsuccessful completion  这些提示都是关于autodock4的，而在运行autogrid 时没有错误
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10楼2015-09-22 17:02:10
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a86052

金虫 (正式写手)
看不见图片。。
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2楼2015-09-19 09:43:58
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510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 09:43:58
看不见图片。。

图片是弹出的警告：you must choose a macromolecule before writing gpf
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3楼2015-09-19 13:22:28
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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510王力宏: 金币+5, ★有帮助 2015-09-21 22:46:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-19 13:22:28
图片是弹出的警告：you must choose a macromolecule before writing gpf...

这意思不就是你没选择大分子吗，grid-macromolecule-choose（或者open），选择你的蛋白分子，这个选了吗？
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4楼2015-09-19 14:10:00
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510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 14:10:00
这意思不就是你没选择大分子吗，grid-macromolecule-choose（或者open），选择你的蛋白分子，这个选了吗？...

谢谢！那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗
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5楼2015-09-21 19:06:37
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a86052

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-21 19:06:37
谢谢！那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗...

我不太明白你的意思，你说的grid box参数指的是box的大小吗？这个是要划定在你蛋白的结合口袋处
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6楼2015-09-22 09:01:22
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510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 09:01:22
我不太明白你的意思，你说的grid box参数指的是box的大小吗？这个是要划定在你蛋白的结合口袋处...

对的，是BOX的大小。那每个不同的受体，是不是就要有自己的结合口袋？如果box范围不包括这个结合口袋，是不是后续的对接是没有结果的？谢谢
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7楼2015-09-22 15:03:06
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a86052

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-22 15:03:06
对的，是BOX的大小。那每个不同的受体，是不是就要有自己的结合口袋？如果box范围不包括这个结合口袋，是不是后续的对接是没有结果的？谢谢...

每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧
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8楼2015-09-22 15:50:38
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510王力宏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋，你的box要覆盖这个口袋，因为放进去的配体会再这个box内，如果box不在结合口袋处，这个对接就没啥意义了吧...

好的，谢谢！
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9楼2015-09-22 16:30:12
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