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510王力宏

新虫 (初入文坛)

[求助] autodocktools里设置grid参数后无法保存已有1人参与


我是按照grid→set map types →choose ligand选中的小分子之后才设置的参数,设置完之后保存之后,再按grid→output就出现这个图标了

我第一次接触autodock,请大家多指教啊!
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋,你的box要覆盖这个口袋,因为放进去的配体会再这个box内,如果box不在结合口袋处,这个对接就没啥意义了吧...

我还想问一下。。。
我在运行 run autodock时,会出错误。提示是:too few values read in  check grid map'a'    还有error:error in readmap  unsuccessful completion  这些提示都是关于autodock4的,而在运行autogrid 时没有错误
10楼2015-09-22 17:02:10
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a86052

金虫 (正式写手)

看不见图片。。
2楼2015-09-19 09:43:58
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 09:43:58
看不见图片。。

图片是弹出的警告:you must choose a macromolecule before writing gpf
3楼2015-09-19 13:22:28
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
510王力宏: 金币+5, 有帮助 2015-09-21 22:46:25
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3楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-19 13:22:28
图片是弹出的警告:you must choose a macromolecule before writing gpf...

这意思不就是你没选择大分子吗,grid-macromolecule-choose(或者open),选择你的蛋白分子,这个选了吗?
4楼2015-09-19 14:10:00
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-19 14:10:00
这意思不就是你没选择大分子吗,grid-macromolecule-choose(或者open),选择你的蛋白分子,这个选了吗?...

谢谢!那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗
5楼2015-09-21 19:06:37
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a86052

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-21 19:06:37
谢谢!那请问grid box 的参数设置要把配体和受体都包含进去吗...

我不太明白你的意思,你说的grid box参数指的是box的大小吗?这个是要划定在你蛋白的结合口袋处
6楼2015-09-22 09:01:22
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

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6楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 09:01:22
我不太明白你的意思,你说的grid box参数指的是box的大小吗?这个是要划定在你蛋白的结合口袋处...

对的,是BOX的大小。那每个不同的受体,是不是就要有自己的结合口袋?如果box范围不包括这个结合口袋,是不是后续的对接是没有结果的?谢谢
7楼2015-09-22 15:03:06
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a86052

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 510王力宏 at 2015-09-22 15:03:06
对的,是BOX的大小。那每个不同的受体,是不是就要有自己的结合口袋?如果box范围不包括这个结合口袋,是不是后续的对接是没有结果的?谢谢...

每个受体都有其结合口袋,你的box要覆盖这个口袋,因为放进去的配体会再这个box内,如果box不在结合口袋处,这个对接就没啥意义了吧
8楼2015-09-22 15:50:38
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510王力宏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-22 15:50:38
每个受体都有其结合口袋,你的box要覆盖这个口袋,因为放进去的配体会再这个box内,如果box不在结合口袋处,这个对接就没啥意义了吧...

好的,谢谢!
9楼2015-09-22 16:30:12
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