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XYwinne

金虫 (小有名气)

[求助] 建立菱形盒子

我建了一个菱形的盒子,命令如下
editconf -f 1.pdb -bt triclinic -box ** ** ** -c -angle 90 90 120 -o 2.pdb
genbox -cp 2.pdb -ci 1.pdb -nmol 19 -o 3.pdb (加入另外19个溶质)
genbox -cp3.pdb -ci 4.pdb -nmol 1000 -o 5.pdb (加入1000个溶剂)
在VMD和MS中看图形,溶质和溶剂好像还是按照立方形加入的(图形如下),之前没做过斜的盒子,不知道怎么处理?
(左边的几个分子是右边的,由于周期性出现在左边)

建立菱形盒子
1.PNG
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XYwinne

金虫 (小有名气)

算了,自己摸索着把问题解决了
2楼2015-09-16 10:29:36
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汤子仟123

新虫 (初入文坛)

3楼2015-12-15 23:30:10
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汤子仟123

新虫 (初入文坛)

4楼2015-12-15 23:30:24
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XYwinne

金虫 (小有名气)

5楼2015-12-16 00:51:21
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