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harriet7929金虫 (小有名气)
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用sybyl做分子对接后RMSD问题
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| 用sybyl做分子对接，先把蛋白质中的配体扣出来进行docking，发现对接后打分在7以上，但similarity为0，这是什么原因？这样的对接参数合理吗？ |
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zycz138
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harriet7929: 金币+1 2015-09-13 08:57:57
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harriet7929: 金币+1 2015-09-13 08:57:57
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你把参考配体和对接结果同时显示在窗口中看看两者叠合程度怎么样，如果差的很大相似度自然就小 发自小木虫Android客户端 |
2楼2015-09-13 08:31:36
harriet7929
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3楼2015-09-13 08:57:34
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harriet7929: 金币+1 2015-09-18 16:19:43
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harriet7929: 金币+1 2015-09-18 16:19:43
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插一句嘴，那这样的对接结果当然不好了。 首先讲一下“大道理”： 分子对接构象跟结晶实验的结果不匹配，说明你这个对接模拟偏离真实情况，而偏离真实情况的模拟是没有预测能力的，是没有意义的。 然后说一下“小方法”： 第一，sybyl的对接程序，不会只输出一个对接构象的，一般会有十个到几十个吧。你再查查其它构象怎么样。（具体的去找软件说明书） 第二，我记得sybyl对接程序有四套默认参数，对应四个准确程度，你选用准确程度更高的那套参数吧。具体找找说明书。 第三，也可以自己调整具体参数，还可以自己选择和调整consensus score，具体的看看说明书  |
4楼2015-09-14 09:46:46
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