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709420779

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助一个晶体的拓扑分析 已有1人参与

请哪位高人帮忙分析一下一个晶体的拓扑符号和拓扑类型，现将cif文件上传，多谢啦！
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    • 2015-09-10 20:26:50, 25.86 K

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1楼 2015-09-10 20:27:09
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
##################
1:C37 H28 Cd N7 O6
##################

Topology for Cd1
--------------------
Atom Cd1 links by bridge ligands and has
Common vertex with                                R(A-A)        f
Cd 1    0.7055    1.3197    0.9043   ( 1 2 1)    11.774A        1
Cd 1    1.2945   -0.3197    1.0957   ( 1-1 1)    20.917A        1
Cd 1   -0.7055    1.6803   -0.9043   (-1 1-1)    20.917A        1
Common edge with                                  R(A-A)
Cd 1    1.7055    0.3197   -0.0957   ( 2 1 0)    18.225A        2
Cd 1    0.7055    1.3197   -1.0957   ( 1 2-1)    18.808A        2
-------------------------
Structural group analysis
-------------------------

-------------------------
Structural group No 1
-------------------------
Structure consists of layers ( 1 1 0) with CdO6N7C37H28

Coordination sequences
----------------------
Cd1:  1  2  3  4  5   6   7   8   9  10
Num   5 10 15 20 25  30  35  40  45  50
Cum   6 16 31 51 76 106 141 181 226 276
----------------------
TD10=276

Vertex symbols for selected sublattice
--------------------------------------
Cd1 Point (Schlafli) symbol:{3^3.4^4.5^3}
Extended point symbol:[3.3.3.4.4.4.4.5.5.5]
--------------------------------------
Point (Schlafli) symbol for net: {3^3.4^4.5^3}
5-c net; uninodal net

Topological type: cem; Shubnikov plane net (3^3.4^2) (topos&RCSR.ttd) {3^3.4^4.5^3} - VS [3.3.3.4.4.*.*.*.*.*] (70649 types in 10 databases)

-----------------------
Non-equivalent circuits
-----------------------
Circuit No 1; Type=3; Centroid: (0.098,0.227,0.365)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1     -0.7055  0.6803  0.0957
Cd1      0.7055  0.3197 -0.0957
Cd1      0.2945 -0.3197  1.0957
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   1 | Cd1       0.2945 -0.3197  0.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Circuit No 2; Type=4a; Centroid: (0.000,0.500,0.000)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1     -0.7055  0.6803 -0.9043
Cd1      0.2945 -0.3197  0.0957
Cd1      0.7055  0.3197  0.9043
Cd1     -0.2945  1.3197 -0.0957
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   2 | Cd1      -0.7055  0.6803  0.0957 | Cd1       0.7055  0.3197 -0.0957 |   18.225 | 3/inf 3/inf 4c/inf 4c/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
   3 | Cd1      -0.7055  0.6803  0.0957 | Cd1      -0.2945  1.3197 -1.0957 |   18.808 | 3/inf 3/inf 4b/inf 4b/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
   3 | Cd1       0.2945 -0.3197  1.0957 | Cd1       0.7055  0.3197 -0.0957 |   18.808 | 3/inf 3/inf 4b/inf 4b/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Circuit No 3; Type=4b; Centroid: (0.000,0.500,0.000)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1     -0.7055  0.6803  0.0957
Cd1     -0.2945  1.3197 -1.0957
Cd1      0.7055  0.3197 -0.0957
Cd1      0.2945 -0.3197  1.0957
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   1 | Cd1      -0.7055  0.6803 -0.9043 | Cd1      -0.2945  1.3197 -0.0957 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
   1 | Cd1       0.2945 -0.3197  0.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Circuit No 4; Type=4c; Centroid: (0.500,0.000,0.500)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1      0.2945 -0.3197  1.0957
Cd1     -0.7055  0.6803  0.0957
Cd1      0.7055  0.3197 -0.0957
Cd1      1.7055 -0.6803  0.9043
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   1 | Cd1       0.2945 -0.3197  0.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Circuit No 5; Type=5a; Centroid: (0.141,0.464,0.781)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1     -0.7055  0.6803  0.0957
Cd1     -0.2945  1.3197  0.9043
Cd1      0.7055  0.3197  1.9043
Cd1      0.2945 -0.3197  1.0957
Cd1      0.7055  0.3197 -0.0957
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   1 | Cd1       0.2945 -0.3197  0.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
   2 | Cd1      -0.7055  0.6803  1.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   18.225 | 3/inf 3/inf 4c/inf 4c/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
   3 | Cd1      -0.7055  0.6803  1.0957 | Cd1      -0.2945  1.3197 -0.0957 |   18.808 | 3/inf 3/inf 4b/inf 4b/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
   3 | Cd1       0.2945 -0.3197  2.0957 | Cd1       0.7055  0.3197  0.9043 |   18.808 | 3/inf 3/inf 4b/inf 4b/inf 5a/inf 5a/inf 5b/inf 5b/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Circuit No 6; Type=5b; Centroid: (0.659,0.736,0.819)
------------------------------
Atom       x       y       z
------------------------------
Cd1      0.2945  0.6803  1.0957
Cd1      1.2945 -0.3197  2.0957
Cd1      1.7055  0.3197  0.9043
Cd1      0.7055  1.3197 -0.0957
Cd1     -0.7055  1.6803  0.0957
Crossed with bonds
------------------------------------------------------------------------------------------------
  No | Atom       x       y       z     | Atom       x       y       z     |   Dist.  | N Cycles
------------------------------------------------------------------------------------------------
   1 | Cd1       0.2945  0.6803  0.0957 | Cd1       0.7055  1.3197  0.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
   1 | Cd1       1.2945 -0.3197  1.0957 | Cd1       1.7055  0.3197  1.9043 |   11.774 | 4a/inf 4a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf 5a/inf
------------------------------------------------------------------------------------------------

Ring links
------------------------------------------------------
Cycle 1 | Cycle 2 | Chain | Cross | Link | Hopf | Mult
------------------------------------------------------
     4a |       3 |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     4a |      4c |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     4a |      5a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     4a |      5b |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     4c |      4a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     4c |      5a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    4
     5a |       3 |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     5a |      4c |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     5a |      5a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     5a |      5b |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     5b |      4a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    2
     5b |      5a |  inf. |     1 |    1 |   *  |    4
------------------------------------------------------

Polycatenation
--------------
Groups
1: 2D, CdO6N7C37H28 (Zt=2); (1,1,0)

Probably 2-fold interpenetration

Types
-----------------------------------------------------
Group 1 | Orient. | Group 2 | Orient. |  Angle | Type
-----------------------------------------------------
      1 |   1,1,0 |       1 |   1,1,0 |    0.0 | 2D+2D, parallel
-----------------------------------------------------

***There are crossing edges***

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2楼2015-09-12 09:48:54
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709420779

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jackdeng at 2015-09-12 09:48:54
##################
1:C37 H28 Cd N7 O6
##################

Topology for Cd1
--------------------
Atom Cd1 links by bridge ligands and has
Common vertex with                                R(A-A ...

谢谢啊，不过我还想请问一下，我用topos分析的时候会出现“New topology, please, contact the authors (67371 types in 9 databases)
Elapsed time: 4.08 sec.”这是什么意思？尤其是括弧中是何意
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3楼2015-09-14 09:14:38
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

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709420779: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-09-30 14:28:36
说明你的这个拓扑结构是新的，让你联系软件的发明者，将该拓扑列入其中，以便他人查询，但是前提是要保证你的数据库是最新的，不然很可能是已经被报道过的，再者，现在新的拓扑结构已经没有什么意义了，关键是看性质，如果一个报道很多的拓扑结构能展现出很好的性质，必将是一篇好的paper，好运。
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4楼2015-09-14 09:19:34
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