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beidou52

新虫 (小有名气)

[交流] 在vasp中优化掺氮石墨烯,优化后结构很诡异,大神们帮我分析分析吧 已有4人参与

在medea中建的模型,图一是原始结构,图二是优化后的结构,这个优化结果也太诡异了,大神们帮我分析分析吧



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xrdcvw73

新虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
建议楼主调调显示
我觉得很可能是周期性显示的问题,这个应该是能够调的....
没用过medea
不过vesta和ms 中都是可以调节各种现实,2x2的显示你的结构,就看得到具体的问题了
2楼2015-09-09 23:09:51
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beidou52

新虫 (小有名气)

请问如何调整显示呢,我用cif导回material studio中就跟在medea中是一样的怪异结构,并且原子全部变成了碳原子,用xyz导回MS中则位置和原子都没有问题,但是丢失了晶体结构,不知道你碰到过这种问题没
3楼2015-09-10 11:09:30
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luzihen

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
xrdcvw73 说的是对的,这个是周期性边界显示的问题.明显有原子跑到对面去了
构型没什么大问题
4楼2015-09-13 14:07:37
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三目童子

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有没有可能是建模是原子没有居中,即原子没在晶胞里面。以前用vasp算的时候也出现过

发自小木虫IOS客户端
bobo
5楼2015-09-13 22:29:57
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mywtfmp3

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
没有问题的。有一个原子超出了边界,被画到了另一个晶胞而已。你把所有的原子的位置平移一下,就能显示在同一个unit cell里面了。
我喜欢用vesta,里面有一个功能是transform unit cell,可以移动origin,更改unit cell大小。非常好用,你可以试一试。
6楼2015-09-14 16:12:01
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