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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 在vasp中优化掺氮石墨烯，优化后结构很诡异，大神们帮我分析分析吧
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beidou52

新虫 (小有名气)

[交流] 在vasp中优化掺氮石墨烯，优化后结构很诡异，大神们帮我分析分析吧 已有4人参与

在medea中建的模型，图一是原始结构，图二是优化后的结构，这个优化结果也太诡异了，大神们帮我分析分析吧
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1楼 2015-09-09 19:48:37
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xrdcvw73

新虫 (正式写手)
★
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建议楼主调调显示
我觉得很可能是周期性显示的问题，这个应该是能够调的....
没用过medea
不过vesta和ms 中都是可以调节各种现实，2x2的显示你的结构，就看得到具体的问题了
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2楼2015-09-09 23:09:51
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beidou52

新虫 (小有名气)
请问如何调整显示呢，我用cif导回material studio中就跟在medea中是一样的怪异结构，并且原子全部变成了碳原子，用xyz导回MS中则位置和原子都没有问题，但是丢失了晶体结构，不知道你碰到过这种问题没
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3楼2015-09-10 11:09:30
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luzihen

金虫 (正式写手)
★
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xrdcvw73 说的是对的,这个是周期性边界显示的问题.明显有原子跑到对面去了
构型没什么大问题
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4楼2015-09-13 14:07:37
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三目童子

金虫 (小有名气)
★
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有没有可能是建模是原子没有居中，即原子没在晶胞里面。以前用vasp算的时候也出现过

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bobo
5楼2015-09-13 22:29:57
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mywtfmp3

银虫 (小有名气)
★
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没有问题的。有一个原子超出了边界，被画到了另一个晶胞而已。你把所有的原子的位置平移一下，就能显示在同一个unit cell里面了。
我喜欢用vesta，里面有一个功能是transform unit cell，可以移动origin，更改unit cell大小。非常好用，你可以试一试。
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6楼2015-09-14 16:12:01
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