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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 简并引物的设计怎么选择保守序列？
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apple_Y

木虫 (初入文坛)

[求助] 简并引物的设计怎么选择保守序列？ 已有1人参与

想扩增某昆虫的未知基因片段，能搜索到的最近亲缘关系3个物种蛋白序列相似度不足30%，请问这样的保守序列能设计简并引物么？谢谢！
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1楼 2015-09-08 18:39:23
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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apple_Y: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-09 09:44:41
可以在搜一下，实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。
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apple_Y
123456
2楼2015-09-08 19:00:25
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apple_Y

木虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-08 19:00:25
可以在搜一下，实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。

请问能用亲缘关系远的物种蛋白序列么？比如哺乳动物的。

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3楼2015-09-09 09:44:09
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apple_Y

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-08 19:00:25
可以在搜一下，实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。

请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了？
简并引物的设计怎么选择保守序列？
捕获.PNG
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4楼2015-09-09 10:55:47
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
apple_Y: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-09 15:23:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 09:44:09
请问能用亲缘关系远的物种蛋白序列么？比如哺乳动物的。
...

可以，但是最好是用昆虫的序列。
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123456
5楼2015-09-09 14:27:36
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 10:55:47
请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了？

捕获.PNG
...

应该还可以，但是设计引物时要考虑密码子偏好性。
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123456
6楼2015-09-09 14:29:55
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飒飒儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 10:55:47
请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了？

捕获.PNG
...

咨询一下大神，这个是用什么操作的啊？

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7楼2023-03-24 09:55:04
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