24小时热门版块排行榜    

查看: 2629  |  回复: 6

apple_Y

木虫 (初入文坛)

[求助] 简并引物的设计怎么选择保守序列? 已有1人参与

想扩增某昆虫的未知基因片段,能搜索到的最近亲缘关系3个物种蛋白序列相似度不足30%,请问这样的保守序列能设计简并引物么?谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
apple_Y: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-09 09:44:41
可以在搜一下,实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

123456
2楼2015-09-08 19:00:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

apple_Y

木虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-08 19:00:25
可以在搜一下,实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。

请问能用亲缘关系远的物种蛋白序列么?比如哺乳动物的。

发自小木虫Android客户端
3楼2015-09-09 09:44:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

apple_Y

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-08 19:00:25
可以在搜一下,实在不行的话可以找一下相对比较保守的区域设计引物。

请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了?
简并引物的设计怎么选择保守序列?
捕获.PNG

4楼2015-09-09 10:55:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
apple_Y: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-09 15:23:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 09:44:09
请问能用亲缘关系远的物种蛋白序列么?比如哺乳动物的。
...

可以,但是最好是用昆虫的序列。
123456
5楼2015-09-09 14:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 10:55:47
请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了?

捕获.PNG
...

应该还可以,但是设计引物时要考虑密码子偏好性。
123456
6楼2015-09-09 14:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飒飒儿

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by apple_Y at 2015-09-09 10:55:47
请问象这样C和D两个保守序列是不是离得太近了?

捕获.PNG
...

咨询一下大神,这个是用什么操作的啊?

发自小木虫Android客户端
7楼2023-03-24 09:55:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 apple_Y 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见