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长虎牙的羊

金虫 (小有名气)

[求助] 荧光定量目的基因复孔的重复性不好,而内参基因重复性却很好。急求大神帮忙。

小的我最近在重复师姐做的荧光定量的实验,但是换了一种细胞系(都是人的细胞,我用的是HepG2),之前的细胞系已经验证过引物是没有问题的。我连着做了三遍,结果就是目的基因的重复性非常不好。昨天又做了一遍,结果还是酱紫,oh,我的内心是奔溃的!!!!!!所用试剂应该没有问题,都是新买的PROMEGA的试剂,RNA是用omega试剂盒提的,260/280为2.07。请各位大神帮帮我吧。
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wozaitianda

禁虫 (小有名气)

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3楼2015-09-01 22:51:42
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长虎牙的羊

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by wozaitianda at 2015-09-01 22:51:42
换一下引物试试。

谢谢你回我,引物之前做过都没问题。现在找到原因了,是我做DNA酶没消化好,都降解了,但是我现在也不知道原因,因为同样的步骤我师妹做就没问题,我师妹跟我一起做同样的RNA也没问题,我的就不知道为什么,所以想等段时间再做,估计最近有点衰!
4楼2015-09-06 08:50:36
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jackyoung

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

从比值看,RNA完整性应该可以接受(如果是nanodrop测定的话,分光光度计法得到这样的值多半是降解的)。有一点需要确定,即所说的重复是实验重复还是技术重复?如果是实验重复,建议考虑优化提取-反转录过程(指控制好RNA质量和反应体系中样品的用量,同一批次进行实验,消除可能的影响),重新定量后取均值即可,如果变异大可能是正常的。另外告诉你几个事实:1.cDNA多次冻融或存放时间较长会引起降解(尤其反转录后没有热失活RT的);2.RNA的质量和投入多少会影响反转的效率,尤其是各种细节控制不好(多加或少加,混合不均匀,有影响酶活性的酒精、酚、胍等存在的时候);3.仪器的问题(之前是公共仪器,某几个个别位置甚至整排有问题,小概率)
问题可能千奇百怪,知道原理,懂得避免,尽量靠谱就好。祝好。

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CestLaVie
5楼2015-09-11 01:06:40
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长虎牙的羊

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by jackyoung at 2015-09-11 01:06:40
从比值看,RNA完整性应该可以接受(如果是nanodrop测定的话,分光光度计法得到这样的值多半是降解的)。有一点需要确定,即所说的重复是实验重复还是技术重复?如果是实验重复,建议考虑优化提取-反转录过程(指控制 ...

谢谢了,摸索了很久,还是做不好,我暂时搁搁这实验。260/280是正常的也不能代表RNA的完整性,我后面跑胶发现有的RNA降解了,我估计是试剂盒被污染了吧,我下次用TRIZOL试一试。
6楼2015-09-13 09:43:59
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