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feiyu21214

新虫 (初入文坛)

[交流] 有关总RNA提取问题请教大家哦!!

我是第一次做提取总RNA实验做RT-PCR,但是感觉结果总是不理想。
首先,我的吸头和离心管都是进口的,而且我还经过DEPC处理过后高温高压没菌,其次是提取后乙醇沉淀后可以清楚看到离心管底部有淡淡白白的东西,为了不被基因组污染我还尽量只吸到三层中的上层透明液体。
其次我怕是反转录试剂盒有问题,又换了一个新的,可是反转录第一条CDNA后,结果跑胶发现带很不明亮,比少量标准DNA还淡很多。
然后我用自己的引物去PCR拉目的基因,PCR形成的总是引物多聚体带。

现在我正在找个内参引物,但是cDNA带不亮问题怎么去解决啊?我怀疑是不是EB不能很好地插入单条CDNA链而使反转录第一条CDNA跑胶不亮。

总之,提取总RNA后反转录第一条CDNA后为什么跑胶带不亮??、??

谢谢哦!!!
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figo.339

木虫 (著名写手)

★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
请问楼主cDNA点样时是多少量?我点cDNA时也不亮,关键是你看弥散的带能达到多少。你的目的片段不大的话对RNA质量要求就不高。如果条带2000kb以上的话对RNA的质量要求就很高。
2楼2008-08-23 18:16:56
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feiyu21214

新虫 (初入文坛)

但是我的目的基因七百在PCR也没有出来了啊
只有一百多点带啊!!!
3楼2008-08-23 18:29:34
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feiyu21214

新虫 (初入文坛)

CDNA点样量5微升
就是先去5微升总RNA再反转录体系是20微升
再从反转录体系里去5微升去跑胶发现带不亮
4楼2008-08-23 18:32:52
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★
xyklmu(金币+3,VIP+0):感谢答复
进口的已经经过DEPC处理就不要人为再搞来搞去了…………
提完之后测下OD嘛~~就知道到底是提取的问题还是反转录的问题
反转录后的cDNA跑琼脂糖确实效果很差……不能代表实际情况
PCR的时候有杂带或者dimer那是你引物设计的问题,另外也有可能是gDNA的污染
内参引物很多的,随便搜下类似于JBC的paper都一堆~~~
5楼2008-08-23 19:43:33
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★
xyklmu(金币+3,VIP+0):感谢答复
RT的目的片段没必要搞那么长,我的产物一般都在200~400bp,这样延伸只需30s
700bp比较难扩,一般要延伸1min
6楼2008-08-23 19:44:45
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yuyixst

木虫 (正式写手)

用产物做一下pcr试试
7楼2008-08-25 09:12:54
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