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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 问一个很基本的问题，分子动力学和结构优化的区别
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303103263

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分子动力学模拟

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1楼 2015-08-26 20:05:15
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 15:13:02
请问MS里怎么对一段时间内的结构性质求平均？ 我运行完GULP分子动力学后又两个文件，一个是xsd，这个存储的是最终的构型，一个是xtd，这个存储的是模拟过程中构型的变化，forcite里的analysi可以对xtd进行分析并求 ...

我没用过MS……
回复此楼
9楼2015-08-27 12:07:58
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15216105346

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
个人看法！
结构优化是找局部能量最低，而分子动力学是全局最低能量！

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-08-27 07:48:07
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
303103263: 金币+3, 很棒 2015-08-27 09:31:16
结构优化是找到能量最低点。

分子动力学是为了计算统计力学里的系综平均。也就是说，在一个给定系综里（比如NVT)，不同能量的构型是按照一定概率分布的（玻尔兹曼分布），分子动力学是要对所有这些可能的构型求平均（而不仅局限于能量最低的构型）。如果不明白这一点，去找本统计力学的教材，把最基本的系综理论那部分看完就差不多懂了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-08-27 08:57:10
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303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-08-27 09:30:53
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