应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 问一个很基本的问题，分子动力学和结构优化的区别
111/2返回列表12下一页
查看: 2639  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-08-26 20:05:15
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
303103263: 金币+3, 很棒 2015-08-27 09:31:16
结构优化是找到能量最低点。

分子动力学是为了计算统计力学里的系综平均。也就是说，在一个给定系综里（比如NVT)，不同能量的构型是按照一定概率分布的（玻尔兹曼分布），分子动力学是要对所有这些可能的构型求平均（而不仅局限于能量最低的构型）。如果不明白这一点，去找本统计力学的教材，把最基本的系综理论那部分看完就差不多懂了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-08-27 08:57:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
个人看法！
结构优化是找局部能量最低，而分子动力学是全局最低能量！

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-27 07:48:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-08-27 09:30:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
303103263: 金币+3 2015-08-27 10:37:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 13:30:53
那就是说我最后求得的所有物理量（比如粘度，压强等）都是分子动力学模拟构型在达到平衡状态下一段时间内的这些物理量的平均值了？...

对于静态性质比如能量、压强、比热容，基本可以这么认为。压强本身就是对Virial的系综平均。

粘度更复杂一些，因为在统计物理上这是一个线性响应系数，并且是一个动力学性质，因此你不可能对每个构型求一个粘度然后求平均，但可以用平衡态或者非平衡态的方法算。平衡态的话就是Green-Kubo关系，算出时间关联函数（也是一个系综平均），然后对关联函数积分。非平衡态的话就是加一个扰动，然后根据扰动产生的响应来计算粘度，比如Muller-Plathe。
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-27 10:15:37
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-08-27 10:38:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 14:38:48
那我想求的PDF函数也是平衡态下一段时间内的平均还是直接求最终构型的PDF？...

PDF函数是静态性质，平衡态下一段时间内的求平均即可
赞一下 回复此楼
7楼2015-08-27 10:43:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2015-08-27 11:13:02
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 15:13:02
请问MS里怎么对一段时间内的结构性质求平均？ 我运行完GULP分子动力学后又两个文件，一个是xsd，这个存储的是最终的构型，一个是xtd，这个存储的是模拟过程中构型的变化，forcite里的analysi可以对xtd进行分析并求 ...

我没用过MS……
回复此楼
9楼2015-08-27 12:07:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2015-08-27 15:21:03
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 303103263 的主题更新
111/2返回列表12下一页
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 27/1350 2026-08-18 21:44 by Noways
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 朋友圈看到的 +4 wangzilk 2026-08-18 5/250 2026-08-18 19:25 by wangzilk
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +51 医学老男孩 2026-08-13 110/5500 2026-08-18 19:07 by icerianxia
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭