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分子动力学模拟

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1楼2015-08-26 20:05:15
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lsloneil

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303103263: 金币+3, 很棒 2015-08-27 09:31:16
结构优化是找到能量最低点。

分子动力学是为了计算统计力学里的系综平均。也就是说，在一个给定系综里（比如NVT)，不同能量的构型是按照一定概率分布的（玻尔兹曼分布），分子动力学是要对所有这些可能的构型求平均（而不仅局限于能量最低的构型）。如果不明白这一点，去找本统计力学的教材，把最基本的系综理论那部分看完就差不多懂了。
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3楼2015-08-27 08:57:10
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15216105346

金虫 (著名写手)
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个人看法！
结构优化是找局部能量最低，而分子动力学是全局最低能量！

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2楼2015-08-27 07:48:07
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303103263

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4楼2015-08-27 09:30:53
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lsloneil

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303103263: 金币+3 2015-08-27 10:37:40
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4楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 13:30:53
那就是说我最后求得的所有物理量（比如粘度，压强等）都是分子动力学模拟构型在达到平衡状态下一段时间内的这些物理量的平均值了？...

对于静态性质比如能量、压强、比热容，基本可以这么认为。压强本身就是对Virial的系综平均。

粘度更复杂一些，因为在统计物理上这是一个线性响应系数，并且是一个动力学性质，因此你不可能对每个构型求一个粘度然后求平均，但可以用平衡态或者非平衡态的方法算。平衡态的话就是Green-Kubo关系，算出时间关联函数（也是一个系综平均），然后对关联函数积分。非平衡态的话就是加一个扰动，然后根据扰动产生的响应来计算粘度，比如Muller-Plathe。
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5楼2015-08-27 10:15:37
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6楼2015-08-27 10:38:48
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lsloneil

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6楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 14:38:48
那我想求的PDF函数也是平衡态下一段时间内的平均还是直接求最终构型的PDF？...

PDF函数是静态性质，平衡态下一段时间内的求平均即可
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7楼2015-08-27 10:43:58
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303103263

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8楼2015-08-27 11:13:02
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lsloneil

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8楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 15:13:02
请问MS里怎么对一段时间内的结构性质求平均？ 我运行完GULP分子动力学后又两个文件，一个是xsd，这个存储的是最终的构型，一个是xtd，这个存储的是模拟过程中构型的变化，forcite里的analysi可以对xtd进行分析并求 ...

我没用过MS……
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9楼2015-08-27 12:07:58
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10楼2015-08-27 15:21:03
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