应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 问一个很基本的问题，分子动力学和结构优化的区别
111/2返回列表12下一页
查看: 2362  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-08-26 20:05:15
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
303103263: 金币+3, 很棒 2015-08-27 09:31:16
结构优化是找到能量最低点。

分子动力学是为了计算统计力学里的系综平均。也就是说，在一个给定系综里（比如NVT)，不同能量的构型是按照一定概率分布的（玻尔兹曼分布），分子动力学是要对所有这些可能的构型求平均（而不仅局限于能量最低的构型）。如果不明白这一点，去找本统计力学的教材，把最基本的系综理论那部分看完就差不多懂了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-08-27 08:57:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
个人看法！
结构优化是找局部能量最低，而分子动力学是全局最低能量！

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-27 07:48:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-08-27 09:30:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
303103263: 金币+3 2015-08-27 10:37:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 13:30:53
那就是说我最后求得的所有物理量（比如粘度，压强等）都是分子动力学模拟构型在达到平衡状态下一段时间内的这些物理量的平均值了？...

对于静态性质比如能量、压强、比热容，基本可以这么认为。压强本身就是对Virial的系综平均。

粘度更复杂一些，因为在统计物理上这是一个线性响应系数，并且是一个动力学性质，因此你不可能对每个构型求一个粘度然后求平均，但可以用平衡态或者非平衡态的方法算。平衡态的话就是Green-Kubo关系，算出时间关联函数（也是一个系综平均），然后对关联函数积分。非平衡态的话就是加一个扰动，然后根据扰动产生的响应来计算粘度，比如Muller-Plathe。
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-27 10:15:37
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-08-27 10:38:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 14:38:48
那我想求的PDF函数也是平衡态下一段时间内的平均还是直接求最终构型的PDF？...

PDF函数是静态性质，平衡态下一段时间内的求平均即可
赞一下 回复此楼
7楼2015-08-27 10:43:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2015-08-27 11:13:02
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 303103263 at 2015-08-26 15:13:02
请问MS里怎么对一段时间内的结构性质求平均？ 我运行完GULP分子动力学后又两个文件，一个是xsd，这个存储的是最终的构型，一个是xtd，这个存储的是模拟过程中构型的变化，forcite里的analysi可以对xtd进行分析并求 ...

我没用过MS……
回复此楼
9楼2015-08-27 12:07:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

303103263

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2015-08-27 15:21:03
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 303103263 的主题更新
111/2返回列表12下一页
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +3 困于星晨 2026-03-17 3/150 2026-03-17 14:08 by ms629
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +15 不知道叫什么！ 2026-03-15 17/850 2026-03-17 10:13 by Sammy2
[考研] 302求调剂 +8 负心者当诛 2026-03-11 8/400 2026-03-17 09:05 by 哦哦123
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +5 d如愿上岸 2026-03-12 8/400 2026-03-16 15:19 by peike
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 大连大学化学专业研究生调剂 +3 琪久. 2026-03-10 8/400 2026-03-11 10:02 by 琪久.
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭